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万見
- PDB-6im5: YAP-binding domain of human TEAD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6im5
タイトルYAP-binding domain of human TEAD1
要素Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / TEAD1 / YAP-binding domain / Hippo pathway / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcriptional enhancer factor TEF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Mo, Y. / Lee, H.S. / Kim, S.J. / Ku, B.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2015M3A9B5030308 韓国
Ministry of Science, ICT and Future PlanningCreative Research 韓国
Ministry of Science, ICT and Future PlanningDisease Target Structure Research 韓国
Ministry of Science, ICT and Future PlanningKK1803 韓国
引用ジャーナル: Bull.Korean Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the YAP-binding Domain of Human TEAD1
著者: Mo, Y. / Lee, H.S. / Lee, C.H. / Lim, H.J. / Park, S.J. / Shin, H.-C. / Kim, C.-H. / Kim, S.J. / Ku, B.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6434
ポリマ－53,4532
非ポリマー1902
水7,134396
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8212
ポリマ－26,7261
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8212
ポリマ－26,7261
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.537, 89.356, 135.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 26726.395 Da / 分子数: 2 / 断片: YAP-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28347
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% (v/v) 2-propanol, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid (pH 4.5), and 200 mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 49632 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 2451

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYS

3kys


解像度: 1.701→28.412 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 20.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1999 4.03 %
Rwork0.1953 --
obs0.1967 49583 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→28.412 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 10 396 3895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8994813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.742143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7011-1.74370.28291400.23443338X-RAY DIFFRACTION99
1.7437-1.79080.27381400.2233315X-RAY DIFFRACTION99
1.7908-1.84350.22331390.20753332X-RAY DIFFRACTION99
1.8435-1.9030.24911410.19483353X-RAY DIFFRACTION99
1.903-1.9710.21251410.18583341X-RAY DIFFRACTION100
1.971-2.04990.24871430.19143386X-RAY DIFFRACTION100
2.0499-2.14310.2321420.19133390X-RAY DIFFRACTION100
2.1431-2.25610.23651410.18573357X-RAY DIFFRACTION100
2.2561-2.39730.21221420.1893383X-RAY DIFFRACTION100
2.3973-2.58230.24191430.2073404X-RAY DIFFRACTION100
2.5823-2.8420.25851440.2033435X-RAY DIFFRACTION100
2.842-3.25270.25821450.19333433X-RAY DIFFRACTION100
3.2527-4.09610.20411460.17883489X-RAY DIFFRACTION100
4.0961-28.4160.20691520.20253628X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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