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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6im4 | ||||||
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タイトル | Structural basis of AimP signaling molecule recognition by AimR in Spbeta group of bacteriophages | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Receptor / VIRUS | ||||||
機能・相同性 | : / latency-replication decision / AimR transcriptional regulator 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus phage SPbeta (ファージ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Ouyang, S.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019 タイトル: Structural basis of AimP signaling molecule recognition by AimR in Spbeta group of bacteriophages. 著者: Zhen, X. / Zhou, H. / Ding, W. / Zhou, B. / Xu, X. / Perculija, V. / Chen, C.J. / Chang, M.X. / Choudhary, M.I. / Ouyang, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6im4.cif.gz | 173.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6im4.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6im4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6im4_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6im4_full_validation.pdf.gz | 457.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6im4_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6im4_validation.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45849.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPbeta (ファージ) / 遺伝子: aimR, yopK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O64094 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 588.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % |
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結晶化 | 温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000 magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.928→61.565 Å / Num. obs: 135748 / % possible obs: 96.73 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.03 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→61.565 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→61.565 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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