[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6im1: Crystal structure of a highly thermostable carbonic anhydrase fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6im1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a highly thermostable carbonic anhydrase from Persephonella marina EX-H1 | |||||||||
Components | Carbonic anhydrase (Carbonate dehydratase) | |||||||||
Keywords | LYASE / Carbonic anhydrase / Zinc metalloenzyme / Persephonella marina EX-H1 / CO2 mineralization / CO2 capture and storage | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Persephonella marina (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Jin, M.S. / Kim, S. / Sung, J. / Yeon, J. / Choi, S.H. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Mol.Cells / Year: 2019 Title: Crystal Structure of a Highly Thermostable alpha-Carbonic Anhydrase from Persephonella marina EX-H1. Authors: Kim, S. / Sung, J. / Yeon, J. / Choi, S.H. / Jin, M.S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6im1.cif.gz | 298.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6im1.ent.gz | 238.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6im1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6im1_validation.pdf.gz | 10.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6im1_full_validation.pdf.gz | 10.3 MB | Display | |
Data in XML | 6im1_validation.xml.gz | 53.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6im1_validation.cif.gz | 75 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6im1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6im0C 6im3C 6ekiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 243 / Label seq-ID: 22 - 243
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27723.904 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Persephonella marina (strain DSM 14350 / EX-H1) (bacteria) Strain: DSM 14350 / EX-H1 / Gene: PERMA_1443 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C0QRB5, carbonic anhydrase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM glycine pH 9.5, 28-32% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 400, and 200-400 mM calcium chloride dehydrate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Sep 7, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→124.07 Å / Num. obs: 113414 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.4 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 48.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 11794 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.332 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6EKI Resolution: 2→124.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.152 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.819 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2→124.07 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|