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- PDB-6ilb: Native crystal structure of fructuronate-tagaturonate epimerase U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ilb
タイトルNative crystal structure of fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi
要素(Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol) x 2
キーワードISOMERASE / UxaE / TIM-barrel
機能・相同性tagaturonate epimerase / racemase and epimerase activity, acting on hydroxy acids and derivatives / Tagaturonate/fructuronate epimerase / tagaturonate epimerase / metal ion binding / Tagaturonate/fructuronate epimerase
機能・相同性情報
生物種Cohnella laeviribosi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.50541976525 Å
データ登録者Choi, M.Y. / Kang, L.W. / Ho, T.H. / Nguyen, D.Q. / Lee, I.H. / Lee, J.H. / Park, Y.S. / Park, H.J.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi
著者: Choi, M.Y. / Kang, L.W. / Ho, T.H. / Nguyen, D.Q. / Lee, I.H. / Lee, J.H. / Park, Y.S. / Park, H.J.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand identity / 詳細: Bound metal ions are changed to Zn ion. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
D: Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9106
ポリマ-110,6552
非ポリマー2554
543
1
A: Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4753
ポリマ-55,3511
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
2
D: Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4353
ポリマ-55,3041
非ポリマー1312
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.816, 73.470, 74.673
Angle α, β, γ (deg.)98.135, 110.157, 90.119
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質 Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol


分子量: 55350.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cohnella laeviribosi (バクテリア)
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D2YCT9, tagaturonate epimerase
#2: タンパク質 Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol


分子量: 55304.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cohnella laeviribosi (バクテリア)
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D2YCT9, tagaturonate epimerase
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細WP_019005805.1 for sequence reference

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Tris (base)/HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 33313 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 56.5559819619 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.809 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.60.40716940.890.2490.4780.53294.7
2.54-2.593.60.36816030.9180.2250.4330.51993
2.59-2.643.60.32616910.9250.20.3840.54195.7
2.64-2.693.50.28716260.9510.1760.3370.54794.2
2.69-2.753.50.25716540.9440.1570.3020.53894
2.75-2.823.50.22516430.9610.140.2660.56794.9
2.82-2.893.50.20516620.9650.1260.2410.5894.5
2.89-2.963.50.17216480.9760.1060.2030.6395.6
2.96-3.053.40.14216520.9830.0880.1680.66294.4
3.05-3.153.20.12116310.9830.080.1460.72595.8
3.15-3.2630.10716720.9840.0750.1320.82194.9
3.26-3.393.20.09516860.9860.0620.1140.94296.4
3.39-3.553.70.08216380.990.0490.0950.99695.5
3.55-3.733.70.07516780.9920.0440.0871.11394.6
3.73-3.973.70.06716680.9930.0390.0771.23796
3.97-4.273.70.05916860.9930.0350.0691.13896.6
4.27-4.73.60.05416740.9950.0330.0631.20295.8
4.7-5.383.50.0516570.9960.0310.0590.97696.1
5.38-6.783.20.04317240.9950.030.0530.80498.8
6.78-503.80.03917260.9970.0230.0460.95698.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.50541976525→39.3889941356 Å / SU ML: 0.340501558681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.00456201315 / 位相誤差: 28.339688006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25100599925 1681 5.04668407938 %RANDOM
Rwork0.190601090377 31628 --
obs0.193707068998 33309 94.7921113293 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.9654417152 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50541976525→39.3889941356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7792 0 10 3 7805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008063248711377958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95749526459510738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05284712168411154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005247844486131410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.502001683324754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.57910.3387625758681170.2549999355512413X-RAY DIFFRACTION85.5596888739
2.5791-2.66240.3201471325861280.2210982513292633X-RAY DIFFRACTION94.7820116718
2.6624-2.75750.3035364386511300.2079798215032635X-RAY DIFFRACTION93.8242280285
2.7575-2.86790.2776629800021330.215357271572646X-RAY DIFFRACTION94.8464163823
2.8679-2.99830.2743900820321730.2198263574532597X-RAY DIFFRACTION95.1890034364
2.9983-3.15640.3400900917431320.2214738053962602X-RAY DIFFRACTION95.228143504
3.1564-3.3540.2677550485881610.2190170175982684X-RAY DIFFRACTION95.5660060464
3.354-3.61280.2496321160351520.2066829469662646X-RAY DIFFRACTION95.5601092896
3.6128-3.97610.2321804805751590.1870771701482638X-RAY DIFFRACTION95.428181508
3.9761-4.55070.2855390378881180.1736303644092690X-RAY DIFFRACTION96.4948453608
4.5507-5.73060.2389637871581300.1813417320442701X-RAY DIFFRACTION96.1616847826
5.7306-39.380.1866625626261480.1627036624212743X-RAY DIFFRACTION99.0068493151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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