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- PDB-6il3: Crystal structure of the FLT3 kinase bound to a small molecule in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6il3
タイトルCrystal structure of the FLT3 kinase bound to a small molecule inhibitor
要素Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードTRANSFERASE / receptor tyrosine kinase type I inhibitor ATP binding domain DFG-in / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / lymphocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / pro-B cell differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / dendritic cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / myeloid progenitor cell differentiation / FLT3 signaling through SRC family kinases / cytokine receptor activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / hemopoiesis / PI3K Cascade / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / positive regulation of MAP kinase activity / B cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / liver regeneration / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A9R / PHOSPHATE ION / Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thomas, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the FLT3 kinase bound to a small molecule inhibitor
著者: Thomas, C.J.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,20021
ポリマ－43,0451
非ポリマー2,15520
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.641, 81.641, 147.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 43044.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase

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非ポリマー , 6種, 53分子

#2: 化合物 ChemComp-A9R / 7-methoxy-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-3-(pyridin-2-yl)imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 305.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N5O
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M Sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M Di-potassium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.5 Å / Num. obs: 18033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.9 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 24.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21863 946 5.3 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.18491 17029 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2501 0 134 33 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0172492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.6753668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2671.6095778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6225312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42322.426136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07415451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2121514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5986.1171248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5646.1151247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5199.1711560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5239.1751561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3226.7381478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3216.741479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9419.8562109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.34167.7272870
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.38367.7282867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 64 -
Rwork0.277 1229 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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