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- PDB-6ij7: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ij7
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1
要素Rhamnosyltransferase protein
キーワードPLANT PROTEIN / Arabidopsis thaliana / rhamnosyltransferase / rhamnoside
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flavonol 7-O-rhamnosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China2017YFA0504801 中国
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of rhamnosyltransferase UGT89C1 from Arabidopsis thaliana reveal the molecular basis of sugar donor specificity for UDP-beta-l-rhamnose and rhamnosylation mechanism.
著者: Zong, G. / Fei, S. / Liu, X. / Li, J. / Gao, Y. / Yang, X. / Wang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnosyltransferase protein
B: Rhamnosyltransferase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,15913
ポリマ－96,3562
非ポリマー80311
水63135
1
A: Rhamnosyltransferase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7038
ポリマ－48,1781
非ポリマー5257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
2
B: Rhamnosyltransferase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4565
ポリマ－48,1781
非ポリマー2784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.647, 80.647, 340.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 213 or resid 223 through 435))
21(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 7 through 213 or resid 223 through 435))AA7 - 2137 - 213
12SERSERLEULEU(chain A and (resid 7 through 213 or resid 223 through 435))AA223 - 435223 - 435
21LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 2137 - 213
22SERSERVALVAL(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB223 - 277223 - 277
23PROPROPROPRO(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB297297
24LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 4357 - 435
25LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 4357 - 435
26LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 4357 - 435
27LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 4357 - 435
28LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 213 or resid 223...BB7 - 4357 - 435

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要素

#1: タンパク質 Rhamnosyltransferase protein


分子量: 48178.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LNE6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.0, 25%(w/v) PEG8000 and 3%(v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 29577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 199886
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.85.70.57129510.9020.2530.6260.51299.5
2.8-2.916.60.51829420.9260.2170.5620.524100
2.91-3.046.80.39229370.9530.1620.4240.581100
3.04-3.26.50.28929630.9670.1220.3140.66100
3.2-3.47.20.21629520.9830.0870.2320.735100
3.4-3.667.10.15829860.9870.0640.1710.877100
3.66-4.036.80.11829420.9890.0490.1271.055100
4.03-4.6270.09629530.9940.0390.1041.069100
4.62-5.8170.08929680.9930.0360.0961.032100
5.81-106.70.07229830.9960.0310.0791.025100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACV

2acv


解像度: 2.701→47.364 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1498 5.08 %
Rwork0.2175 --
obs0.2196 29494 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.15 Å2 / Biso mean: 66.9422 Å2 / Biso min: 36.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.701→47.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6324 0 52 35 6411
Biso mean--59.89 57.1 -
残基数----807
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3750X-RAY DIFFRACTION9.209TORSIONAL
12B3750X-RAY DIFFRACTION9.209TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.683-0.46470.31983.106-0.9893.7547-0.0357-0.47230.15880.33380.02340.13340.0078-0.09450.00260.2853-0.01420.05930.5368-0.06610.355522.9256-11.89475.5236
23.7193-2.5005-1.42351.93740.43063.350.292-1.26050.64410.68790.06420.76470.00960.204-0.34360.8939-0.02530.01340.8281-0.31951.394622.498418.27961.3389
33.69651.12961.04373.04040.47221.45570.1238-1.11311.83930.69210.27660.9308-1.3881-0.6361-0.06260.77890.08640.12610.9089-0.26721.02511.740421.24544.1144
43.47480.8835-0.38065.44260.45422.6340.03910.31420.7791-0.30310.03670.8736-0.2613-0.526-0.09560.30950.05760.00410.52-0.02150.498316.99262.5646-8.387
53.5856-0.46420.64193.01910.14155.4738-0.07210.55320.0364-0.45980.031-0.0405-0.1919-0.17730.03280.48230.00780.02180.292-0.03850.331125.7763-15.1625-45.6877
64.9135-0.4102-0.02392.98970.52182.72350.04110.1494-0.5996-0.10370.0043-0.81410.46250.3133-0.05810.60560.04660.07340.30130.00350.567745.4453-23.8143-32.7705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 246 )A7 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 247 through 269 )A247 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 270 through 313 )A270 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 314 through 435 )A314 - 435
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 187 )B7 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 188 through 435 )B188 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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