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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iiv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human thromboxane A2 receptor bound to daltroban | ||||||
![]() | Soluble cytochrome b562,Thromboxane A2 receptor,Rubredoxin,Thromboxane A2 receptor | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, H. / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for ligand recognition of the human thromboxane A2receptor. 著者: Fan, H. / Chen, S. / Yuan, X. / Han, S. / Zhang, H. / Xia, W. / Xu, Y. / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53242.238 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W/H1102I/R1106L/L247A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GPCR protein followed a traditional fusion strategy by introducing a bRIL fusion protein at the N terminus of the receptor and a rubredoxin fusion protein in the third intracellular loop of ...詳細: GPCR protein followed a traditional fusion strategy by introducing a bRIL fusion protein at the N terminus of the receptor and a rubredoxin fusion protein in the third intracellular loop of the receptor. The residues from bRIL were numbered with 1001-1106 and the residues from rubredoxin were numbered with 2001 to 2054, with 2001 and 2054 covalently linked to residues 228 and 237 of the receptor, respectively. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cybC, TBXA2R 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P21731, UniProt: P00268 |
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#2: 化合物 | ChemComp-A90 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: Magnesium acetate, PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15664 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 114.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 86.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4PXZ, 1M6T, 1IRO 解像度: 3→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.891 / SU Rfree Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.339
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原子変位パラメータ | Biso mean: 109.63 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→48.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.5457 Å / Origin y: 158.003 Å / Origin z: 139.023 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |