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万見
- PDB-6iis: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iis
タイトルComplex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide
要素
  • 16-bp TA-rich DNA
  • H3K36me3 peptide
  • Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / growth factor / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / Chromatin modifying enzymes / tubulin binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / epigenetic regulation of gene expression ...negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / Chromatin modifying enzymes / tubulin binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / growth factor activity / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / neuron projection development / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / microtubule binding / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Histone H3.1 / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.358 Å
データ登録者Wang, Z. / Tian, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570729 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide
著者: Wang, Z. / Tian, W.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
C: 16-bp TA-rich DNA
D: 16-bp TA-rich DNA
E: H3K36me3 peptide
F: H3K36me3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7936
ポリマ－34,7936
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.473, 33.473, 198.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / HRP-3 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2


分子量: 11578.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL3, HDGF2, HDGFRP3, CGI-142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3E1
#2: DNA鎖 16-bp TA-rich DNA


分子量: 4894.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド H3K36me3 peptide


分子量: 924.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 25% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 9478 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 481

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IIP

6iip


解像度: 2.358→33.129 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 455 4.83 %
Rwork0.1859 --
obs0.1896 9426 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.358→33.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 410 0 18 2132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3143076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.593868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3576-2.69860.381610.25232969X-RAY DIFFRACTION91
2.6986-3.39940.28521310.21322987X-RAY DIFFRACTION90
3.3994-33.13230.23091630.16023015X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.0367 Å / Origin y: -17.8991 Å / Origin z: 230.9349 Å
111213212223313233
T0.3455 Å2-0.0379 Å2-0.0029 Å2-0.2638 Å2-0.0413 Å2--0.2938 Å2
L0.6079 °2-0.2484 °20.5575 °2-1.3026 °2-1.3826 °2--1.6019 °2
S0.0613 Å °-0.0717 Å °0.0114 Å °-0.1468 Å °0.0118 Å °-0.0585 Å °0.2601 Å °-0.1596 Å °-0.056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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