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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iis | ||||||
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タイトル | Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / growth factor / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / tubulin binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation ...negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / tubulin binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / growth factor activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / neuron projection development / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide 著者: Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6iipS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11578.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 4894.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 924.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 25% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 9478 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 481 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6IIP 解像度: 2.358→33.129 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.358→33.129 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 51.0367 Å / Origin y: -17.8991 Å / Origin z: 230.9349 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |