+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iio | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of CV-A10 native empty particle | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Coxsackievirus A10 / Mature virion | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
![]() | Chen, J.H. / Ye, X.H. / Cong, Y. / Huang, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Coxsackievirus A10 atomic structure facilitating the discovery of a broad-spectrum inhibitor against human enteroviruses. 著者: Jinhuan Chen / Xiaohua Ye / Xue-Yang Zhang / Zhengdan Zhu / Xiang Zhang / Zhijian Xu / Zhanyu Ding / Gang Zou / Qingwei Liu / Liangliang Kong / Wen Jiang / Weiliang Zhu / Yao Cong / Zhong Huang / ![]() ![]() 要旨: Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle ...Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle (NEP) at 2.84 and 3.12 Å, respectively. Our CV-A10 mature virion structure reveals a density corresponding to a lipidic pocket factor of 18 carbon atoms in the hydrophobic pocket formed within viral protein 1. By structure-guided high-throughput drug screening and subsequent verification in cell-based infection-inhibition assays, we identified four compounds that inhibited CV-A10 infection in vitro. These compounds represent a new class of anti-enteroviral drug leads. Notably, one of the compounds, ICA135, also exerted broad-spectrum inhibitory effects on a number of representative viruses from all four species (A-D) of human enteroviruses. Our findings should facilitate the development of broadly effective drugs and vaccines for enterovirus infections. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 105.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 934.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 945 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 | ![]()
| x 60
2 |
|
3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33088.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 35187.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26187.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1B3Z4Y8 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23312 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|