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万見
- PDB-6iim: USP14 catalytic domain with IU1-206 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iim
タイトルUSP14 catalytic domain with IU1-206
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
キーワードHYDROLASE / USP14 inhibitor complex / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERAD pathway / deubiquitinase activity / regulation of chemotaxis / K63-linked deubiquitinase activity / endopeptidase inhibitor activity / proteasome binding / protein deubiquitination / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome complex ...negative regulation of ERAD pathway / deubiquitinase activity / regulation of chemotaxis / K63-linked deubiquitinase activity / endopeptidase inhibitor activity / proteasome binding / protein deubiquitination / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome complex / Regulation of NF-kappa B signaling / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / synapse / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A ...Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8L / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Wang, F. / Wang, Y.W.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: Small molecule inhibitors reveal allosteric regulation of USP14 via steric blockade.
著者: Wang, Y. / Jiang, Y. / Ding, S. / Li, J. / Song, N. / Ren, Y. / Hong, D. / Wu, C. / Li, B. / Wang, F. / He, W. / Wang, J. / Mei, Z.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9034
ポリマ－91,2102
非ポリマー6942
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area31260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.310, 81.186, 108.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14 / Deubiquitinating enzyme 14 / Ubiquitin thioesterase 14 / Ubiquitin-specific-processing protease 14


分子量: 45604.762 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP14, TGT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54578, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-A8L / 1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)ethan-1-one


分子量: 346.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23ClN2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, NH4F, Cscl, glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→30 Å / Num. obs: 48730 / % possible obs: 95.89 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 19.46
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / Num. unique obs: 4594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AYN

2ayn


解像度: 2.21→30 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 2472 5.07 %
Rwork0.2062 --
obs0.2083 48730 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5390 0 48 274 5712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1787466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1732101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2077-2.25010.31871380.26962363X-RAY DIFFRACTION88
2.2501-2.2960.33911340.26752458X-RAY DIFFRACTION94
2.296-2.34590.30931440.25122508X-RAY DIFFRACTION95
2.3459-2.40050.27981400.22752589X-RAY DIFFRACTION97
2.4005-2.46050.28551410.23412608X-RAY DIFFRACTION97
2.4605-2.5270.2931260.22382619X-RAY DIFFRACTION98
2.527-2.60130.28721440.22672595X-RAY DIFFRACTION98
2.6013-2.68520.23131350.21272601X-RAY DIFFRACTION98
2.6852-2.78110.30121300.22392672X-RAY DIFFRACTION98
2.7811-2.89240.28471270.20522613X-RAY DIFFRACTION98
2.8924-3.02390.27431180.21282634X-RAY DIFFRACTION98
3.0239-3.18310.25591470.21532593X-RAY DIFFRACTION98
3.1831-3.38230.23681340.21442639X-RAY DIFFRACTION97
3.3823-3.6430.24751380.19962561X-RAY DIFFRACTION96
3.643-4.00880.25521520.20422535X-RAY DIFFRACTION95
4.0088-4.58710.21871430.18772529X-RAY DIFFRACTION94
4.5871-5.77220.21721350.18392619X-RAY DIFFRACTION96
5.7722-29.63890.21761460.19542522X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4962-0.1199-0.15383.3620.12141.10230.07720.1018-0.0656-0.2724-0.10980.2429-0.0639-0.1729-0.00420.10540.0218-0.01180.25120.00940.2723-7.23677.3384-10.0296
22.37610.39611.22314.5993-0.77272.5870.0908-0.34310.0120.1702-0.12790.2128-0.2738-0.1471-0.00550.7930.0129-0.18710.32-0.00330.3664-21.396546.963-42.0722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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