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万見
- PDB-6iih: crystal structure of mitochondrial calcium uptake 2(MICU2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iih
タイトルcrystal structure of mitochondrial calcium uptake 2(MICU2)
要素Endolysin,Calcium uptake protein 2, mitochondrial
キーワードCalcium Binding Protein / mitochondrial / EF-hand / T4L fusion protein / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / viral release from host cell by cytolysis ...negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / viral release from host cell by cytolysis / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / peptidoglycan catabolic process / mitochondrial intermembrane space / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF-hand domain pair / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Calcium uptake protein 1/2/3 / EF-hand domain pair / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Calcium uptake protein 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.958 Å
データ登録者Shen, Q. / Wu, W. / Zheng, J. / Jia, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21773014 中国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of MICU2 provides insight into Ca2+binding and MICU1-MICU2 heterodimer formation.
著者: Wu, W. / Shen, Q. / Lei, Z. / Qiu, Z. / Li, D. / Pei, H. / Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2018年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Calcium uptake protein 2, mitochondrial
B: Endolysin,Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5985
ポリマ－115,4782
非ポリマー1203
水14,754819
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area41990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.743, 96.311, 85.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endolysin,Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 57739.125 Da / 分子数: 2 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pET-28(b) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: Q8IYU8, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.16
詳細: 100 mM Sodium phosphate monobasic , 100 mM potassium phosphate monobasic , 100 mM MES, 6.0 and 1M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.958→48.676 Å / Num. obs: 73695 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.977 / Net I/av σ(I): 21.26 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 1.958→2.007 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 3701 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.629 / Χ2: 0.971 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3247: ???)精密化
HKL-2000v716.1データ削減
HKL-2000v716.1データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575: 000)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.958→48.676 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 2000 2.86 %
Rwork0.1796 --
obs0.1809 69963 91.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.958→48.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7256 0 3 819 8078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1619917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1274445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9582-2.00710.285970.23773287X-RAY DIFFRACTION62
2.0071-2.06140.261200.22144111X-RAY DIFFRACTION78
2.0614-2.12210.26181400.21194730X-RAY DIFFRACTION89
2.1221-2.19060.27361440.20334886X-RAY DIFFRACTION92
2.1906-2.26880.23751490.19365092X-RAY DIFFRACTION96
2.2688-2.35970.2281520.1835147X-RAY DIFFRACTION97
2.3597-2.46710.24511530.17215195X-RAY DIFFRACTION97
2.4671-2.59710.23861510.17355128X-RAY DIFFRACTION97
2.5971-2.75980.21541490.17655088X-RAY DIFFRACTION95
2.7598-2.97290.2241490.17785072X-RAY DIFFRACTION96
2.9729-3.2720.25281520.1775137X-RAY DIFFRACTION96
3.272-3.74530.22821490.16695090X-RAY DIFFRACTION95
3.7453-4.71810.16991470.15074969X-RAY DIFFRACTION93
4.7181-48.69110.22411480.19085031X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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