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- PDB-6ii0: Crystal structure of the Makes Caterpillars Floppy (MCF)-Like eff... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii0
タイトルCrystal structure of the Makes Caterpillars Floppy (MCF)-Like effector of Vibrio vulnificus MO6-24/O
要素Putative RTX-toxin
キーワードTOXIN / MCF / MARTX TOXIN / EFFECTOR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / transferase activity / toxin activity / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / alpha/beta hydrolase fold ...: / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative RTX-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyun, J. / Lee, C. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Makes caterpillars floppy-like effector-containing MARTX toxins require host ADP-ribosylation factor (ARF) proteins for systemic pathogenicity.
著者: Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyun, J. / Lee, C. / Kim, J.F. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative RTX-toxin
B: Putative RTX-toxin
C: Putative RTX-toxin
D: Putative RTX-toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3775
ポリマ－163,2854
非ポリマー921
水6,539363
1
A: Putative RTX-toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9132
ポリマ－40,8211
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
B: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8211
ポリマ－40,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
3
C: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8211
ポリマ－40,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
4
D: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8211
ポリマ－40,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.640, 78.640, 450.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Putative RTX-toxin


分子量: 40821.262 Da / 分子数: 4 / 断片: MCF / 変異: C3351S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: rtxA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1CLG9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The sequence has been deposited to database with NCBI accession ID WP_015728045.1. GAM at N- ...The sequence has been deposited to database with NCBI accession ID WP_015728045.1. GAM at N-terminal were from expression tag. Residue C3351S represents mutation.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG 3000, 0.1M Na2HPO4/citric acid (pH 4.2), 0.4M NaCl, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 60806 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / Num. unique obs: 3219 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.273 / Rrim(I) all: 0.643

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6II6

6ii6


解像度: 2.36→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.317 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23662 3193 5.1 %RANDOM
Rwork0.18242 ---
obs0.18517 59323 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.36→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9567 0 6 363 9936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.97413174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83321165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16751249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16325.499431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.994151611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7911537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6313.7045005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.633.7035004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6815.5326251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.685.5336252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3564.2064757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3544.2064757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5576.0726924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.41144.33910998
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.4144.34210999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 237 -
Rwork0.246 4456 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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