PDB-6ih8: Crystal structure of Phosphite Dehydrogenase mutant I151R/P176R/M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ih8

タイトル

Crystal structure of Phosphite Dehydrogenase mutant I151R/P176R/M207A from Ralstonia sp. 4506

要素

Phosphite dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phosphite Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia sp. 4506 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Song, X. / Feng, Y. / Liu, Y. / Zhao, Z.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Phosphite Dehydrogenase Variants Favoring a Non-natural Redox Cofactor
著者: Liu, Y. / Feng, Y. / Wang, L. / Guo, X. / Liu, W. / Li, Q. / Wang, X. / Xue, S. / Zhao, Z.

履歴

登録	2018年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ih8.cif.gz	269.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ih8.ent.gz	217.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ih8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ih8_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ih8_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	6ih8_validation.xml.gz	51.9 KB	表示
CIF形式データ	6ih8_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ih8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/6ih8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ih2C 6ih3C 6ih4C 6ih5C 6ih6C 4e5mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kao-d 6idf-d 6gcu-2 7328 3i4j-d 7k34-d 5fn2-d 2vjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphite dehydrogenase

B: Phosphite dehydrogenase

C: Phosphite dehydrogenase

D: Phosphite dehydrogenase

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, tetramer

2

A: Phosphite dehydrogenase

D: Phosphite dehydrogenase

ソフトウェアが定義した集合体
73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Phosphite dehydrogenase

C: Phosphite dehydrogenase

ソフトウェアが定義した集合体
73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.030, 118.591, 98.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphite dehydrogenase 分子量: 36913.699 Da / 分子数: 4 / 変異: I151R, P176R,M207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. 4506 (バクテリア) / 遺伝子: ptxD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4XDR8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→26.75 Å / Num. obs: 67160 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / R_merge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 6292

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E5M

4e5m

解像度: 2.25→26.749 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	3261	4.86 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1782	67147	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→26.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10084	0	0	618	10702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	13966
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.165	6238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2452-2.2787	0.2643	119	0.2516	2518	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2787-2.3142	0.3083	153	0.2332	2671	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3142-2.3522	0.2273	112	0.2133	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3522-2.3927	0.3084	131	0.2135	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3927-2.4362	0.2752	135	0.2114	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4362-2.483	0.2433	149	0.2157	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.483-2.5336	0.2884	161	0.2162	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5336-2.5887	0.2473	151	0.2078	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5887-2.6489	0.2814	133	0.1992	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6489-2.715	0.2598	150	0.197	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.7884	0.2784	140	0.1918	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7884-2.8703	0.227	167	0.1954	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8703-2.9629	0.2258	145	0.1935	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9629-3.0686	0.2557	125	0.1998	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0686-3.1913	0.2179	135	0.1893	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1913-3.3363	0.2466	148	0.1825	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3363-3.5118	0.2031	136	0.1816	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5118-3.7313	0.2027	134	0.1638	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7313-4.0185	0.1984	149	0.153	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0185-4.4213	0.1493	150	0.1391	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4213-5.0573	0.1563	128	0.1341	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0573-6.3575	0.1998	147	0.1712	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3575-26.751	0.1582	163	0.1486	2823	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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