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- PDB-6ih0: Aquifex aeolicus LpxC complex with ACHN-975 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ih0
タイトルAquifex aeolicus LpxC complex with ACHN-975
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor / Complex / ANTIBIOTIC / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A5F / Chem-A5U / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Li, D.Y. / Fan, S. / Jin, Y.Y. / Zhang, C. / Lv, G.X. / Wu, G.T. / Yang, Z.Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81761128016 中国
Other governmentCAMS Innovation Fund for Medical Sciences(2016-12M-3-012) 中国
Other governmentCAMS Innovation Fund for Medical Sciences(2016-12M-3-022) 中国
National Natural Science Foundation of China81621064 中国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: The Complex Structure of Protein AaLpxC from Aquifex aeolicus with ACHN-975 Molecule Suggests an Inhibitory Mechanism at Atomic-Level against Gram-Negative Bacteria
著者: Fan, S. / Li, D. / Yan, M. / Feng, X. / Lv, G. / Wu, G. / Jin, Y. / Wang, Y. / Yang, Z.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7424
ポリマ－32,0611
非ポリマー6813
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.569, 65.569, 131.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61

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要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 32060.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: lpxC, envA, aq_1772
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O67648, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-A5F / N-[(2S)-3-azanyl-3-methyl-1-(oxidanylamino)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[4-[(1R,2R)-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]buta -1,3-diynyl]benzamide / ACHN-975 / ACHN-975


分子量: 369.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A5U / methyl (2S)-2-azanyl-3-methyl-3-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]butanoate


分子量: 246.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H22N2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 97208 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 14.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.21→1.25 Å / Num. unique obs: 2378 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.136

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IER

2ier


解像度: 1.21→50 Å / SU ML: 0.0772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 16.7244
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1824 1970 2.17 %
Rwork0.1641 --
obs0.1645 90818 93.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 0 45 350 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03583029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7401833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.240.19821220.18765682X-RAY DIFFRACTION83.88
1.24-1.280.20821330.18685929X-RAY DIFFRACTION87.93
1.28-1.310.19481410.18046175X-RAY DIFFRACTION90.84
1.31-1.360.15681380.17136260X-RAY DIFFRACTION93.37
1.36-1.40.17841430.16986358X-RAY DIFFRACTION94.05
1.4-1.460.19721350.1716182X-RAY DIFFRACTION91.04
1.46-1.530.15491410.16536437X-RAY DIFFRACTION95.37
1.53-1.610.17971440.15456506X-RAY DIFFRACTION96.22
1.61-1.710.16291520.15946531X-RAY DIFFRACTION96.98
1.71-1.840.17991440.16656607X-RAY DIFFRACTION97.45
1.84-2.020.17881410.16456318X-RAY DIFFRACTION93.34
2.02-2.320.17521460.15936692X-RAY DIFFRACTION98.45
2.32-2.920.20581430.17386726X-RAY DIFFRACTION99.08
2.92-26.070.181470.15676445X-RAY DIFFRACTION94.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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