PDB-6igq: Crystal structure of inactive state of S9 peptidase from Deinococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6igq

タイトル

Crystal structure of inactive state of S9 peptidase from Deinococcus radiodurans R1 (PMSF treated)

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yadav, P. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6igq.cif.gz	910.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6igq.ent.gz	756.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6igq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6igq_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6igq_full_validation.pdf.gz	507 KB	表示
XML形式データ	6igq_validation.xml.gz	88.1 KB	表示
CIF形式データ	6igq_validation.cif.gz	126 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzmSC 5yznC 5yzoC 6igpC 6igrC 6ikgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yzm-d 6igr-d 6igp-d 4bur-d 21358 6k8k-d 5yzo-d 1u99-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

ヘテロ分子

292 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, molecular weight of protein corresponds to 265 kDa based on the elution profile obtained by gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.658, 129.989, 194.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative 分子量: 72728.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 % / 解説: cubiod crystals (150-200 micron)
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.31 詳細: 0.17M ammonium sulphate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol PH範囲: 4.8-5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.89 Å / Num. obs: 134697 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6616 / CC_1/2: 0.781 / R_pim(I) all: 0.391 / R_rim(I) all: 1.072 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YZM

5yzm

解像度: 2.3→39.872 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.07

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2241	6737	5.01 %	Random selection
R_work	0.1918	-	-	-
obs	0.1935	134499	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18146	0	86	992	19224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18795
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	25645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.692	12788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2763	247	0.2549	4211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.3009	235	0.2491	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.2902	208	0.2454	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4123	0.2768	203	0.2434	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4123-2.4441	0.2654	216	0.2343	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.2494	207	0.2273	4232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.2556	226	0.2282	4201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2908	236	0.2252	4254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.2686	224	0.2248	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.2612	217	0.2214	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6781	0.2544	199	0.2254	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6781-2.7268	0.2567	215	0.2199	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7268-2.7793	0.2565	217	0.2098	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.251	182	0.2177	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8976	0.2211	220	0.2061	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-2.965	0.267	222	0.2022	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.965-3.0391	0.2262	206	0.2031	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0391-3.1213	0.2461	217	0.1985	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1213-3.2131	0.2539	229	0.1995	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2131-3.3168	0.2364	233	0.2049	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3168-3.4352	0.2261	206	0.1971	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4352-3.5727	0.2318	223	0.1878	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5727-3.7352	0.1935	246	0.1749	4272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7352-3.9319	0.1951	235	0.1786	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9319-4.178	0.2023	265	0.164	4242	X-RAY DIFFRACTION	100
4.178-4.5002	0.1743	244	0.1488	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5002-4.9524	0.1808	272	0.1478	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9524-5.6672	0.1878	232	0.154	4346	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6672-7.1334	0.215	223	0.1833	4373	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1334-39.8782	0.1945	232	0.1724	4480	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.7989 Å / Origin y: -22.0786 Å / Origin z: 48.3392 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.222 Å²	-0.008 Å²	0.003 Å²	-	0.1981 Å²	-0.0248 Å²	-	-	0.2607 Å²
L	-0.028 °²	-0.016 °²	0.0483 °²	-	-0.0243 °²	0.0061 °²	-	-	0.1716 °²
S	-0.0225 Å °	-0.0022 Å °	-0.0173 Å °	-0.0025 Å °	-0.0126 Å °	-0.0024 Å °	0.0222 Å °	-0.0393 Å °	0.0353 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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