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- PDB-6if6: Structure of the periplasmic domain of SflA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6if6
タイトルStructure of the periplasmic domain of SflA
要素Protein SflA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Flagellar formation control / single transmembrane protein
機能・相同性Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / membrane / PHOSPHATE ION / DnaJ domain protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nishikawa, S. / Sakuma, M. / Kojima, S. / Homma, M. / Imada, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP15H02386 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H04774 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2019
タイトル: Structure of the periplasmic domain of SflA involved in spatial regulation of the flagellar biogenesis of Vibrio reveals a TPR/SLR-like fold.
著者: Sakuma, M. / Nishikawa, S. / Inaba, S. / Nishigaki, T. / Kojima, S. / Homma, M. / Imada, K.
履歴
登録2018年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SflA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3643
ポリマ－15,1771
非ポリマー1872
水86548
1
A: Protein SflA
ヘテロ分子

A: Protein SflA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7276
ポリマ－30,3532
非ポリマー3744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 66.900, 59.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein SflA


分子量: 15176.550 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1W6TB41*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-terminal HM is remnant of the His-tag.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 0.8M sodium potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→21.9 Å / Num. obs: 12475 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 833 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→21.898 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1228 9.86 %
Rwork0.1761 --
obs0.1804 12457 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1052 0 11 48 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0781470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.429401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8972-1.97310.32251360.23341226X-RAY DIFFRACTION98
1.9731-2.06290.23381270.18961221X-RAY DIFFRACTION100
2.0629-2.17150.22991310.17611254X-RAY DIFFRACTION100
2.1715-2.30740.21681360.16821246X-RAY DIFFRACTION99
2.3074-2.48540.24521350.18391232X-RAY DIFFRACTION98
2.4854-2.73510.20841390.1911227X-RAY DIFFRACTION100
2.7351-3.12980.27551410.18911252X-RAY DIFFRACTION99
3.1298-3.93950.19951360.16711249X-RAY DIFFRACTION97
3.9395-21.89960.19361470.16091322X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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