PDB-6iec: Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iec

タイトル

Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R17

要素

NSmGnGc
R17 H chain
R17 L chain

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RVFV / antibody / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wang, Q.H. / Wu, Y. / Gao, F. / Qi, J.X. / Gao, G.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Neutralization mechanism of human monoclonal antibodies against Rift Valley fever virus.
著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, ...

履歴

登録	2018年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iec.cif.gz	782.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iec.ent.gz	662.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iec_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iec_full_validation.pdf.gz	537 KB	表示
XML形式データ	6iec_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	6iec_validation.cif.gz	94.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ieaC 6iebC 6iekC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dhj-4 4zb3-1 4hot-d 2zxf-d 2zt5-d 6axf-1 7bpd-1 3afl-d 4x7r-2 5axk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NSmGnGc

H: R17 H chain

L: R17 L chain

B: NSmGnGc

C: R17 H chain

D: R17 L chain

E: NSmGnGc

F: R17 H chain

G: R17 L chain

I: NSmGnGc

J: R17 H chain

K: R17 L chain

238 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NSmGnGc

H: R17 H chain

L: R17 L chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.4 kDa, 3 ポリマー
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2

B: NSmGnGc

C: R17 H chain

D: R17 L chain

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 3 ポリマー
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3

E: NSmGnGc

F: R17 H chain

G: R17 L chain

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 3 ポリマー
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4

I: NSmGnGc

J: R17 H chain

K: R17 L chain

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	198.009, 198.009, 164.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	NSmGnGc / glycoprotein N / Gn 分子量: 34940.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: H9BSP3, UniProt: P03518*PLUS
#2: 抗体	R17 H chain 分子量: 12611.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	R17 L chain 分子量: 11867.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris 7.5, 20% w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 58821 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.986 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.0302

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.2→47.56 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2808	2634	5.04 %
R_work	0.2408	-	-
obs	0.2428	52279	86.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16184	0	0	0	16184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.707	22496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.954	6160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2912

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1977-3.2559	0.3772	113	0.3605	1901	X-RAY DIFFRACTION	64
3.2559-3.3185	0.4004	103	0.3399	1992	X-RAY DIFFRACTION	67
3.3185-3.3862	0.3545	92	0.323	2152	X-RAY DIFFRACTION	71
3.3862-3.4598	0.3515	107	0.31	2211	X-RAY DIFFRACTION	73
3.4598-3.5403	0.3025	112	0.2975	2307	X-RAY DIFFRACTION	76
3.5403-3.6288	0.3814	120	0.3025	2466	X-RAY DIFFRACTION	82
3.6288-3.7268	0.3706	127	0.2885	2565	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7268-3.8365	0.3717	135	0.2995	2659	X-RAY DIFFRACTION	88
3.8365-3.9602	0.3267	155	0.2746	2724	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9602-4.1017	0.2999	150	0.2624	2719	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1017-4.2658	0.2959	183	0.222	2799	X-RAY DIFFRACTION	93
4.2658-4.4598	0.2354	168	0.2168	2811	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4598-4.6948	0.206	178	0.1964	2888	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6948-4.9886	0.238	129	0.2076	2928	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9886-5.3733	0.2617	166	0.2131	2901	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3733-5.9132	0.2946	157	0.2307	2905	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9132-6.7667	0.2666	145	0.2367	2905	X-RAY DIFFRACTION	95
6.7667-8.5173	0.2676	136	0.2191	2929	X-RAY DIFFRACTION	96
8.5173-47.5655	0.2259	158	0.1912	2883	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -136.1501 Å / Origin y: 358.7399 Å / Origin z: -50.157 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3942 Å²	-0.0053 Å²	0.0202 Å²	-	0.3603 Å²	-0.0056 Å²	-	-	0.395 Å²
L	0.0547 °²	-0.042 °²	-0.0166 °²	-	-0.0722 °²	0.0197 °²	-	-	0.0202 °²
S	-0.01 Å °	0.0113 Å °	-0.0461 Å °	-0.0036 Å °	0.0181 Å °	0.0214 Å °	0.0113 Å °	-0.0184 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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