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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ids | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN D35N mutant | ||||||
要素 | MATE family efflux transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / MATE multidrug transporter | ||||||
機能・相同性 | (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter. 著者: Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ids.cif.gz | 96 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ids.ent.gz | 71.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ids.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ids_validation.pdf.gz | 967.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ids_full_validation.pdf.gz | 970.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ids_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ids_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6ids ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6ids | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47522.547 Da / 分子数: 1 / 変異: D35N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CGT79_05080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A1YWE9 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG300, sodium citrate, ammonium fluoride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.79→102.26 Å / Num. obs: 14931 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 35.64 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.279 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.306 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 91363 / Scaling rejects: 402 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.79→67.623 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.95 Å2 / Biso mean: 32.9866 Å2 / Biso min: 5.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.79→67.623 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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