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Yorodumi- PDB-6idp: Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN in the... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6idp | ||||||
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Title | Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN in the straight form | ||||||
Components | MATE family efflux transporter | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MATE multidrug transporter | ||||||
Function / homology | (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.205 Å | ||||||
Authors | Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2019 Title: Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter. Authors: Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6idp.cif.gz | 187.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6idp.ent.gz | 148.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6idp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6idp_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6idp_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 6idp_validation.xml.gz | 19 KB | Display | |
Data in CIF | 6idp_validation.cif.gz | 26 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idp | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47523.531 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Gene: CGT79_05080 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2A1YWE9 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / Details: PEG500DME, Tris-HCl, magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225-HS / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.21→46.014 Å / Num. obs: 29962 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.005 % / Biso Wilson estimate: 34.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10.51 / Num. measured all: 209892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.205→46.014 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.8
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.73 Å2 / Biso mean: 47.1673 Å2 / Biso min: 19.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.205→46.014 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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