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- PDB-6ids: Crystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN D35N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ids
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae MATE transporter VcmN D35N mutant
要素MATE family efflux transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MATE multidrug transporter
機能・相同性(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of H+-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE Transporter.
著者: Kusakizako, T. / Claxton, D.P. / Tanaka, Y. / Maturana, A.D. / Kuroda, T. / Ishitani, R. / Mchaourab, H.S. / Nureki, O.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATE family efflux transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5924
ポリマ－47,5231
非ポリマー1,0703
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.468, 90.149, 102.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MATE family efflux transporter / VcmN


分子量: 47522.547 Da / 分子数: 1 / 変異: D35N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CGT79_05080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A1YWE9
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG300, sodium citrate, ammonium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→102.26 Å / Num. obs: 14931 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 35.64 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.279 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.306 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 91363 / Scaling rejects: 402
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.79-2.9460.9241242420690.5670.4171.0172.596.1
8.82-102.265.20.11128765550.9770.0540.1257.699.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.79→67.623 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1486 9.99 %
Rwork0.2089 13393 -
obs0.2134 14879 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.95 Å2 / Biso mean: 32.9866 Å2 / Biso min: 5.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→67.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 30 13 3350
Biso mean--37.18 33.25 -
残基数----438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.784646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1321171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7905-2.88060.31911290.24031169129896
2.8806-2.98350.28561310.226511871318100
2.9835-3.1030.29441340.222612021336100
3.103-3.24420.26381340.209312031337100
3.2442-3.41520.25411340.2112011335100
3.4152-3.62920.22921330.200112001333100
3.6292-3.90940.22141360.188412251361100
3.9094-4.30270.26031340.191212141348100
4.3027-4.92520.28051360.213612261362100
4.9252-6.20460.23561390.228212471386100
6.2046-67.64240.22341460.201513191465100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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