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- PDB-6iap: structure of human NKp46 in complex with antibody NKp46-1 and NKp46-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iap
タイトルstructure of human NKp46 in complex with antibody NKp46-1 and NKp46-4
要素
  • Fab NKp46-1 heavy chain
  • Fab NKp46-1 light chain
  • Fab NKp46-4 heavy chain
  • Fab NKp46-4 light chain
  • Natural cytotoxicity triggering receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / THERAPEUTIC ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / SWI/SNF complex / cellular defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Natural cytotoxicity triggering receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Roussel, A. / Amigues, B.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Multifunctional Natural Killer Cell Engagers Targeting NKp46 Trigger Protective Tumor Immunity.
著者: Gauthier, L. / Morel, A. / Anceriz, N. / Rossi, B. / Blanchard-Alvarez, A. / Grondin, G. / Trichard, S. / Cesari, C. / Sapet, M. / Bosco, F. / Rispaud-Blanc, H. / Guillot, F. / Cornen, S. / ...著者: Gauthier, L. / Morel, A. / Anceriz, N. / Rossi, B. / Blanchard-Alvarez, A. / Grondin, G. / Trichard, S. / Cesari, C. / Sapet, M. / Bosco, F. / Rispaud-Blanc, H. / Guillot, F. / Cornen, S. / Roussel, A. / Amigues, B. / Habif, G. / Caraguel, F. / Arrufat, S. / Remark, R. / Romagne, F. / Morel, Y. / Narni-Mancinelli, E. / Vivier, E.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natural cytotoxicity triggering receptor 1
D: Fab NKp46-4 light chain
E: Fab NKp46-4 heavy chain
H: Fab NKp46-1 heavy chain
L: Fab NKp46-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7265
ポリマ－113,7265
非ポリマー00
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area45190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.858, 73.827, 128.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 DEHL

#2: 抗体 Fab NKp46-4 light chain


分子量: 23056.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab NKp46-4 heavy chain


分子量: 23192.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Fab NKp46-1 heavy chain


分子量: 23521.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Fab NKp46-1 light chain


分子量: 23244.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 160分子 A

#1: タンパク質 Natural cytotoxicity triggering receptor 1 / Lymphocyte antigen 94 homolog / NK cell-activating receptor / Natural killer cell p46-related protein / hNKp46


分子量: 20710.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCR1, LY94
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O76036
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M acid carboxylique, 0.1M Tris/bicine pH8.5, 50%P500MME/P20k

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→48.47 Å / Num. obs: 28415 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 81.39 Å2 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.89→3.05 Å / Num. unique obs: 28397

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OLL

1oll


解像度: 2.9→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.399
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1399 4.93 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.191 28397 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 212.29 Å2 / Biso mean: 91.8 Å2 / Biso min: 44.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.6439 Å20 Å2-22.2483 Å2
2--14.344 Å20 Å2
3----4.7001 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7979 0 0 159 8138
Biso mean---74.92 -
残基数----1041
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2695SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1363HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8190HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1080SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8998SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8190HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11150HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.07
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3792 31 5.46 %
Rwork0.2443 537 -
all0.251 568 -
obs--86.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.05760.11632.896803.33190.05760.0047-0.0877-0.221-0.23580.03180.13770.0472-0.1063-0.03650.02230.01020.0534-0.07830.1376-0.13417.306111.5582-24.6528
20.05961.1875-3.00675.21491.93322.06090.01380.2385-0.05830.1134-0.0143-0.12140.2666-0.11280.00050.3806-0.02350.1397-0.11080.06840.014923.715610.6953-30.0721
35.43652.7981-2.71264.0758-9.16718.87810.05060.1338-0.0450.09340.05920.12150.1054-0.0648-0.10980.03890.3249-0.07080.09470.25850.073730.163510.1346-33.216
41.50493.258-1.1213.7385-0.45737.4245-0.0396-0.1563-0.11080.0088-0.028-0.2120.07220.24450.06760.12380.0997-0.0017-0.14770.1431-0.012425.737110.1794-23.8782
5-0.02210.43421.1080.60392.30110.85190.0045-0.0299-0.2380.22760.0180.00850.0516-0.2464-0.02250.24910.02590.0278-0.19310.0931-0.135123.028615.6766-37.7103
60.0159-1.8664-0.34741.58562.136-0.00690.0386-0.2994-0.11390.10960.06010.2545-0.1559-0.5807-0.0987-0.05850.05720.14770.24810.2648-0.04456.512620.8055-5.4622
70.6096-1.05581.4781.72861.71220.0293-0.0374-0.2552-0.04920.33360.052-0.0728-0.268-0.2408-0.01460.00470.04740.05520.09220.0158-0.27610.127825.6382-4.8689
88.10121.49560.83030-7.79913.07820.0751-0.0068-0.3945-0.06150.05150.12820.303-0.0852-0.12650.07990.14090.04910.09030.24880.00935.404623.7538-9.7241
92.692-2.3059-0.6090-0.8647-0.0124-0.01640.02320.0373-0.20140.07410.24510.0833-0.1002-0.0577-0.06950.0349-0.00210.10090.32140.2726-1.460517.3105-7.6911
102.3657-4.39552.81521.2737-2.75180.0558-0.0316-0.0826-0.0577-0.29020.01360.0651-0.1064-0.14030.0180.09020.04270.0798-0.07770.1734-0.227115.525620.6194-7.1019
111.5036-0.2727-4.19494.4224-0.00675.7427-0.212-0.1891-0.37140.23260.1887-0.27810.28570.03620.02330.31530.13530.03610.0664-0.0240.195844.94134.2691-54.7822
121.46690.0418-1.97626.67462.00717.3087-0.10980.1988-0.1495-0.06920.0040.34190.0188-0.09530.10580.0512-0.03370.0755-0.1977-0.0564-0.05435.52510.5746-60.3773
133.7988-0.127-3.35963.69073.47245.9304-0.03790.0586-0.2070.21530.0931-0.07340.1787-0.1375-0.05520.16260.00570.1184-0.44470.0632-0.060840.25587.1554-57.8207
142.0067-2.4062-0.49775.29622.6967-0.0101-0.0455-0.1972-0.09720.18770.135-0.1771-0.02880.104-0.08950.0196-0.0762-0.0416-0.0735-0.02970.094649.178610.9705-61.5552
150.46392.88683.94210.5216.13850.07840.0569-0.20070.2808-0.0789-0.0167-0.2334-0.25650.3695-0.0402-0.057-0.18720.1057-0.2874-0.1220.064468.892428.9962-72.406
16-0.09820.19474.9291.4680.5680.8550.0463-0.1351-0.0522-0.08980.0727-0.00770.16240.3652-0.1189-0.1635-0.00670.06030.1019-0.09910.052474.370619.938-65.0449
17-0.0041.22531.38182.0764-2.70750.0275-0.0193-0.10160.0206-0.08130.02190.03230.12910.1759-0.00260.1898-0.29090.06110.0267-0.12450.006769.114525.3938-60.5614
180.25011.4975-0.83895.62330.8202-0.01670.1268-0.21420.175-0.14160.1018-0.0624-0.29620.2912-0.2286-0.0117-0.06590.1052-0.1833-0.13290.057364.112425.0413-69.1708
192.05082.1143-0.78090.6018-4.86650.09930.0603-0.07010.1616-0.0840.0917-0.11140.2570.2107-0.15190.0256-0.18530.15660.0705-0.14390.213979.057326.0736-68.3886
202.3551-0.4229-2.07870-4.00610.13370.0621-0.0592-0.0714-0.08280.0665-0.0791-0.12090.3558-0.1286-0.0222-0.02090.1027-0.1472-0.08190.163876.61319.8594-73.7506
210.0365-0.9997-1.83491.10332.3429-0.03650.0190.05350.1066-0.23610.11170.110.1266-0.245-0.13070.14190.03120.0249-0.19940.0874-0.107433.355731.0957-57.5096
223.9623-0.3919-1.71017.59780.1264.59280.0024-0.34510.1211-0.09620.2027-0.2656-0.20150.5178-0.20520.13330.00820.0278-0.2208-0.0649-0.223236.334429.2095-49.6314
23-0.0124-1.78650.60376.1512-0.07193.5639-0.03080.015-0.07460.2939-0.0450.1317-0.05310.09790.07580.0119-0.0084-0.0638-0.1355-0.0096-0.111535.221922.5305-42.5918
240.2871-1.1785-1.08030.13941.3498-0.01590.0118-0.1450.00910.11330.01850.0349-0.01590.0415-0.03030.1037-0.0414-0.10830.3704-0.04660.112744.424824.9069-37.3383
250.09772.8947-4.9261.29690.76412.8690.0212-0.12810.1659-0.19110.16130.0729-0.1330.137-0.18250.05160.03170.0811-0.2149-0.0958-0.013437.244332.5254-44.1582
264.4595-0.3088-1.95191.348-1.11133.41090.0305-0.220.3238-0.3140.074-0.2956-0.16450.0398-0.10450.2544-0.06630.1165-0.376-0.15460.124951.291729.6755-62.8216
273.0712-2.0591.18760.5326-3.26812.85280.2084-0.28980.6122-0.4443-0.16650.0967-0.0216-0.1747-0.04190.0839-0.15190.1376-0.2407-0.23020.257654.581635.1697-71.0964
2812.47642.8584-4.73318.181-1.9557-0.05990.05840.03780.1854-0.1786-0.0514-0.109-0.07910.0924-0.0070.0319-0.02630.0904-0.3254-0.08310.076261.027730.9806-72.1814
290.0589-0.4097-2.96142.9175-3.48410.6866-0.02020.0590.2668-0.1401-0.0537-0.009-0.0765-0.0340.07390.1362-0.03970.3189-0.2978-0.19080.351654.202541.3312-73.614
300.0365-0.0324-1.83520.8183-0.61260.0006-0.01070.0616-0.0128-0.0541-0.0091-0.0075-0.00610.07370.01980.3398-0.06510.0801-0.37350.06570.038964.758741.0367-80.4029
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427.99723.8016-6.13193.72742.03716.77850.0771-0.1702-0.09280.2082-0.2050.03330.096-0.34480.12790.03030.0910.13940.6778-0.0163-0.060419.678914.556919.9062
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471.5576-0.45874.34621.071.22586.30250.0110.1226-0.0243-0.14410.19540.0970.08870.0043-0.2064-0.0108-0.03330.1199-0.14770.01370.004759.223410.011635.6844
480.2445-0.1669-2.37433.19120.61722.1467-0.0546-0.07410.265-0.14440.2722-0.03140.2183-0.2681-0.21760.0105-0.09010.05280.05380.02270.01348.8718.313628.3335
495.10991.6993-1.45371.49930.8923.52630.022-0.03280.05370.02810.1081-0.096-0.06640.2621-0.1301-0.0358-0.0256-0.06480.02620.09420.031961.54159.423837.3807
500.02651.5226-1.33070-4.112-0.0265-0.00320.04110.0246-0.12170.0142-0.0905-0.12760.1545-0.0111-0.21980.0495-0.0151-0.0011-0.0352-0.116466.08163.854439.4778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - 18 }A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|19 - 39 }A19 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|40 - 51 }A40 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|52 - 71 }A52 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|72 - 87 }A72 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|88 - 117 }A88 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|118 - 133 }A118 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|134 - 153 }A134 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|154 - 167 }A154 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|168 - 182 }A168 - 182
11X-RAY DIFFRACTION11{ D|1 - 31 }D1 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12{ D|32 - 65 }D32 - 65
13X-RAY DIFFRACTION13{ D|66 - 94 }D66 - 94
14X-RAY DIFFRACTION14{ D|95 - 110 }D95 - 110
15X-RAY DIFFRACTION15{ D|111 - 140 }D111 - 140
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|141 - 155 }D141 - 155
17X-RAY DIFFRACTION17{ D|156 - 162 }D156 - 162
18X-RAY DIFFRACTION18{ D|163 - 186 }D163 - 186
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|187 - 198 }D187 - 198
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|199 - 211 }D199 - 211
21X-RAY DIFFRACTION21{ E|1 - 10 }E1 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22{ E|11 - 42 }E11 - 42
23X-RAY DIFFRACTION23{ E|43 - 61 }E43 - 61
24X-RAY DIFFRACTION24{ E|62 - 67 }E62 - 67
25X-RAY DIFFRACTION25{ E|68 - 89 }E68 - 89
26X-RAY DIFFRACTION26{ E|90 - 146 }E90 - 146
27X-RAY DIFFRACTION27{ E|147 - 166 }E147 - 166
28X-RAY DIFFRACTION28{ E|167 - 195 }E167 - 195
29X-RAY DIFFRACTION29{ E|196 - 212 }E196 - 212
30X-RAY DIFFRACTION30{ E|213 - 217 }E213 - 217
31X-RAY DIFFRACTION31{ H|1 - 8 }H1 - 8
32X-RAY DIFFRACTION32{ H|9 - 16 }H9 - 16
33X-RAY DIFFRACTION33{ H|17 - 35 }H17 - 35
34X-RAY DIFFRACTION34{ H|36 - 49 }H36 - 49
35X-RAY DIFFRACTION35{ H|50 - 73 }H50 - 73
36X-RAY DIFFRACTION36{ H|74 - 103 }H74 - 103
37X-RAY DIFFRACTION37{ H|104 - 128 }H104 - 128
38X-RAY DIFFRACTION38{ H|129 - 155 }H129 - 155
39X-RAY DIFFRACTION39{ H|156 - 198 }H156 - 198
40X-RAY DIFFRACTION40{ H|199 - 220 }H199 - 220
41X-RAY DIFFRACTION41{ L|1 - 15 }L1 - 15
42X-RAY DIFFRACTION42{ L|16 - 34 }L16 - 34
43X-RAY DIFFRACTION43{ L|35 - 49 }L35 - 49
44X-RAY DIFFRACTION44{ L|50 - 71 }L50 - 71
45X-RAY DIFFRACTION45{ L|72 - 104 }L72 - 104
46X-RAY DIFFRACTION46{ L|105 - 123 }L105 - 123
47X-RAY DIFFRACTION47{ L|124 - 156 }L124 - 156
48X-RAY DIFFRACTION48{ L|157 - 171 }L157 - 171
49X-RAY DIFFRACTION49{ L|172 - 203 }L172 - 203
50X-RAY DIFFRACTION50{ L|204 - 211 }L204 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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