ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.12_2829精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | 2.5.7位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GLP 解像度: 2.27→25.545 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.13
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.246 | 309 | 5 % |
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Rwork | 0.2119 | - | - |
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obs | 0.2137 | 6176 | 99.2 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 41.6514 Å2 / Biso min: 22.6 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.27→25.545 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 804 | 6 | 10 | 820 |
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Biso mean | - | - | 65.15 | 40.11 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 38 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 984 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.911 | 1539 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.032 | 204 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 41 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d10.712 | 494 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.2694-2.8587 | 0.341 | 151 | 0.2774 | 2864 | 3015 | 100 | 2.8587-25.547 | 0.2211 | 158 | 0.1941 | 3003 | 3161 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.6686 | 0.0049 | -0.1599 | 0.8151 | 0.9088 | 1.5273 | -0.0133 | -0.196 | -0.1852 | 0.1224 | 0.3947 | -0.088 | 0.5937 | 0.3199 | -0.3811 | 0.3385 | 0.0203 | -0.0531 | 0.3915 | -0.0136 | 0.3267 | -2.3586 | 2.4639 | -1.3401 | 2 | 0.9836 | -0.3478 | -0.3754 | 2.3172 | 0.7062 | 1.3434 | -0.0972 | 0.1131 | 0.1833 | 0.1064 | 0.2995 | -0.023 | -0.1514 | -0.1576 | -0.1865 | 0.3763 | -0.0457 | -0.0019 | 0.2434 | 0.0437 | 0.3498 | -2.4677 | -0.6569 | 24.7696 | 3 | 0.946 | -0.4345 | 0.8483 | 1.1471 | 0.6266 | 2.6538 | 0.276 | 0.2736 | 0.1876 | -0.2851 | -0.2807 | -0.2336 | 0.2029 | -0.1944 | 0.0269 | 0.4054 | -0.0023 | 0.0217 | 0.2535 | 0.0729 | 0.3352 | -3.6412 | 0.575 | 14.6469 | 4 | 1.0624 | -0.0808 | -0.2439 | 1.1546 | 0.4124 | 2.0993 | -0.1541 | 0.6287 | -0.2823 | -0.2029 | 0.3884 | -0.3942 | 0.3762 | -0.3979 | -0.2243 | 0.3032 | -0.1078 | 0.0142 | 0.4296 | -0.0485 | 0.3678 | -2.3372 | 4.7726 | -10.1749 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 11 )A1 - 11 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 12 through 19 )A12 - 19 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'B' and (resid 1 through 11 )B1 - 11 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'B' and (resid 12 through 19 )B12 - 19 | | | | | | | | |
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