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- PDB-6i99: Bone Marrow Tyrosine Kinase in Chromosome X in complex with a new... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i99
タイトルBone Marrow Tyrosine Kinase in Chromosome X in complex with a newly designed covalent inhibitor JS24
要素Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Cytoplasmic tyrosine-kinase BMX / Homo Sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / ruffle membrane / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation ...phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / ruffle membrane / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / adaptive immune response / cell adhesion / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BMX, SH2 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...BMX, SH2 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H88 / Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Sousa, B.B. / Matias, P.M. / Marques, M.C. / Seixas, J.D. / Bernardes, G.J.L.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Commission702428
Royal Society676832 英国
European Commission675007
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and biophysical insights into the mode of covalent binding of rationally designed potent BMX inhibitors
著者: Seixas, J.D. / Sousa, B.B. / Marques, M.C. / Guerreiro, A. / Traquete, R. / Rodrigues, T. / Albuquerque, I.S. / Sousa, M.F.Q. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Bandeiras, T.M. / Wu, D. / Doyle, ...著者: Seixas, J.D. / Sousa, B.B. / Marques, M.C. / Guerreiro, A. / Traquete, R. / Rodrigues, T. / Albuquerque, I.S. / Sousa, M.F.Q. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Bandeiras, T.M. / Wu, D. / Doyle, S.K. / Robinson, C.V. / Koehler, A.N. / Corzana, F. / Matias, P.M. / Bernardes, G.J.L.
#1: ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2020
タイトル: Rationally Designed Potent BMX Inhibitors Reveals Mode of Covalent Binding at the Atomic Level
著者: Seixas, J.D. / Sousa, B.B. / Marques, M.C. / Guerreiro, A. / Traquete, R. / Rodrigues, T. / Albuquerque, I.S. / Sousa, M.F.Q. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Bandeiras, T.M. / Wu, D. / Doyle, ...著者: Seixas, J.D. / Sousa, B.B. / Marques, M.C. / Guerreiro, A. / Traquete, R. / Rodrigues, T. / Albuquerque, I.S. / Sousa, M.F.Q. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Bandeiras, T.M. / Wu, D. / Doyle, S.K. / Robinson, C.V. / Koehler, A.N. / Corzana, F. / Matias, P.M. / Bernardes, G.J.L.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
B: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2144
ポリマ－65,1292
非ポリマー1,0852
水2,270126
1
A: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1072
ポリマ－32,5641
非ポリマー5431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1072
ポリマ－32,5641
非ポリマー5431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.714, 63.290, 74.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX / Bone marrow tyrosine kinase gene in chromosome X protein / Epithelial and endothelial tyrosine ...Bone marrow tyrosine kinase gene in chromosome X protein / Epithelial and endothelial tyrosine kinase / ETK / NTK38


分子量: 32564.414 Da / 分子数: 2 / 変異: Q432K, Q620E, Q611M, D617T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Hematopoietic, endothelial, metastatic carcinoma / 遺伝子: BMX / Variant: 2 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P51813, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-H88 / ~{N}-[2-methyl-5-[8-[4-(methylsulfonylamino)phenyl]-2-oxidanylidene-benzo[h][1,6]naphthyridin-1-yl]phenyl]-3-oxidanyl-propanamide


分子量: 542.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H26N4O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: imidazole-malate, PEG 600 / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→72.6 Å / Num. obs: 23531 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.98→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1161 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 0.489 / % possible all: 51.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SXS

3sxs


解像度: 2.001→72.559 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 31.26
詳細: NCS used between chain A and chain B TLS refinement of anisotropic ADPs - 4 non-equivalent rigid bodies were defined per protein chain. Hydrogen atoms were included in calculated positions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1184 5.04 %Random 5% selection
Rwork0.2321 ---
obs0.2335 23504 57.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: -2.2119 Å2 / ksol: 0.9549 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→72.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 0 76 126 4510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6036090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.282643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.001-2.09170.446130.3296198X-RAY DIFFRACTION4
2.0917-2.2020.2674260.3012558X-RAY DIFFRACTION11
2.202-2.33990.3991780.30531342X-RAY DIFFRACTION28
2.3399-2.52060.29441390.2962384X-RAY DIFFRACTION50
2.5206-2.77430.3181770.2843708X-RAY DIFFRACTION76
2.7743-3.17570.27762250.26094771X-RAY DIFFRACTION98
3.1757-4.0010.25962420.21344702X-RAY DIFFRACTION96
4.001-72.5590.21182840.19264657X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7889-0.42130.54831.2474-0.33631.2201-0.1280.2951-0.0835-0.12550.0498-0.00150.0447-0.011-0.00620.2-0.015-0.03580.3334-0.02340.134210.2146-18.329910.0771
21.5711-0.30090.69090.70640.02781.7043-0.09960.043-0.05640.027-0.0172-0.0375-0.0480.121-0.00170.1168-0.0127-0.02390.18270.00180.09449.5551-10.368222.6104
31.3236-0.19990.62060.53350.06241.01670.0607-0.1406-0.02080.0659-0.0447-0.05050.1659-0.1949-0.06990.1030.0035-0.07790.28960.05110.0547-0.9926-12.735135.0708
40.2362-0.10340.05090.396-0.1410.76020.015-0.18190.08550.2138-0.077500.0988-0.0451-0.26010.1388-0.0022-0.05060.1909-0.10750.05356.222-3.466442.5483
51.56910.25-0.13720.239-0.04320.3256-0.0791-0.14620.0590.14030.0255-0.0344-0.0024-0.1101-0.02470.08580.0416-0.06370.2663-0.02690.0547-25.04-19.351920.7943
61.87120.6949-0.13631.1325-0.56351.66840.0214-0.0798-0.17490.1872-0.04140.09910.0419-0.0482-0.03740.1842-0.00590.00320.1654-0.02530.1145-29.7101-11.61438.4207
70.26890.0097-0.03330.24350.02920.89930.0664-0.09810.02260.0502-0.0452-0.0139-0.1912-0.0046-0.00050.1287-0.0352-0.00390.22160.01440.0509-19.2233-12.12595.0188
80.21320.09460.03940.2039-0.22830.3723-0.02560.1639-0.0473-0.1023-0.0345-0.06360.10610.1947-0.16410.05910.02270.020.2147-0.05370.0396-20.7347-10.8418-9.6253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 406 through 453 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 454 through 549 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 550 through 626 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 627 through 671 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 411 through 466 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 467 through 530 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 531 through 575 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 576 through 671 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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