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- PDB-6i8z: Crystal structure of PTK2 in complex with BI-4464. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8z
タイトルCrystal structure of PTK2 in complex with BI-4464.
要素Focal adhesion kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / JUN kinase binding / signal complex assembly / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of macrophage proliferation ...netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / JUN kinase binding / signal complex assembly / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of macrophage proliferation / DCC mediated attractive signaling / regulation of osteoblast differentiation / growth hormone receptor signaling pathway / Signal regulatory protein family interactions / MET activates PTK2 signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / regulation of focal adhesion assembly / regulation of GTPase activity / positive regulation of wound healing / establishment of cell polarity / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of epithelial cell migration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cytoskeleton organization / regulation of cell adhesion mediated by integrin / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of anoikis / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of cell adhesion / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / stress fiber / EPHB-mediated forward signaling / Integrin signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / axon guidance / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of protein phosphorylation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / placenta development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / cell migration / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / actin binding / cell cortex / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / Extra-nuclear estrogen signaling / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H82 / Focal adhesion kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Bader, G. / Zoephel, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Highly Selective PTK2 Proteolysis Targeting Chimeras to Probe Focal Adhesion Kinase Scaffolding Functions.
著者: Popow, J. / Arnhof, H. / Bader, G. / Berger, H. / Ciulli, A. / Covini, D. / Dank, C. / Gmaschitz, T. / Greb, P. / Karolyi-Ozguer, J. / Koegl, M. / McConnell, D.B. / Pearson, M. / Rieger, M. / ...著者: Popow, J. / Arnhof, H. / Bader, G. / Berger, H. / Ciulli, A. / Covini, D. / Dank, C. / Gmaschitz, T. / Greb, P. / Karolyi-Ozguer, J. / Koegl, M. / McConnell, D.B. / Pearson, M. / Rieger, M. / Rinnenthal, J. / Roessler, V. / Schrenk, A. / Spina, M. / Steurer, S. / Trainor, N. / Traxler, E. / Wieshofer, C. / Zoephel, A. / Ettmayer, P.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8042
ポリマ－32,2471
非ポリマー5571
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.050, 77.090, 82.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit ...FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 71 / PPP1R71 / Protein-tyrosine kinase 2 / p125FAK / pp125FAK


分子量: 32247.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2, FAK, FAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q05397, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-H82 / 3-methoxy-~{N}-(1-methylpiperidin-1-ium-4-yl)-4-[[4-[(3-oxidanylidene-1,2-dihydroinden-4-yl)oxy]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino]benzamide


分子量: 556.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29F3N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7%PEG1500, 100 mM SPG buffer, 5 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9102 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→20.77 Å / Num. obs: 40206 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.32 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge F obs: 0.126 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 13.48 / Num. measured all: 133472 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.99-2.113.3630.4062.8264810.48397.6
2.11-2.243.5720.284.2855480.32997.6
2.24-2.413.4670.1866.4955960.2297.6
2.41-2.623.3140.1249.1749990.14997.7
2.62-2.893.3510.08113.5544990.09797.3
2.89-3.283.2970.05319.3541560.06497.1
3.28-3.863.0070.03726.1534160.04694.7
3.86-4.953.070.02833.3528700.03495
4.95-7.793.0110.02733.2119480.03295.3
7.79-20.773.1170.02238.756930.02793.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ETM

2etm


解像度: 1.99→20.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1081 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 21624 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.83 Å2 / Biso mean: 33.75 Å2 / Biso min: 16.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2749 Å20 Å20 Å2
2---9.5598 Å20 Å2
3---9.8348 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→20.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 40 256 2395
Biso mean--27.07 43.26 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d955SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes698HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4324HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4722SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4324HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7822HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.24
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 22 5.08 %
Rwork0.1966 411 -
all0.197 433 -
obs--99.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.4983 Å / Origin y: 19.047 Å / Origin z: 20.0563 Å
111213212223313233
T-0.0502 Å2-0.0026 Å2-0.015 Å2--0.0864 Å20.0177 Å2---0.0414 Å2
L1.3674 °20.091 °2-0.5647 °2-0.27 °20.0847 °2--1.2728 °2
S0.0199 Å °0.0031 Å °-0.0074 Å °0.0006 Å °-0.0033 Å °-0.0079 Å °0.0868 Å °0.0511 Å °-0.0166 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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