[日本語] English
万見
- PDB-6i8s: Discovery and characterisation of an antibody that selectively mo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8s
タイトルDiscovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1
要素
  • HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
  • LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
  • Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードBLOOD CLOTTING / SERPIN / PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 / PAI-1 / ANTIBODY / FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of wound healing ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / replicative senescence / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / : / defense response to Gram-negative bacterium / angiogenesis / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vousden, K.A. / Lundqvist, T. / Popovic, B.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Discovery and characterisation of an antibody that selectively modulates the inhibitory activity of plasminogen activator inhibitor-1.
著者: Vousden, K.A. / Lundqvist, T. / Popovic, B. / Naiman, B. / Carruthers, A.M. / Newton, P. / Johnson, D.J.D. / Pomowski, A. / Wilkinson, T. / Dufner, P. / de Mendez, I. / Mallinder, P.R. / ...著者: Vousden, K.A. / Lundqvist, T. / Popovic, B. / Naiman, B. / Carruthers, A.M. / Newton, P. / Johnson, D.J.D. / Pomowski, A. / Wilkinson, T. / Dufner, P. / de Mendez, I. / Mallinder, P.R. / Murray, C. / Strain, M. / Connor, J. / Murray, L.A. / Sleeman, M.A. / Lowe, D.C. / Huntington, J.A. / Vaughan, T.J.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
B: Plasminogen activator inhibitor 1
C: Plasminogen activator inhibitor 1
D: Plasminogen activator inhibitor 1
E: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
F: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
G: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
H: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
I: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
J: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
K: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
L: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,76312
ポリマ－359,76312
非ポリマー00
水82946
1
A: Plasminogen activator inhibitor 1
E: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
I: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9413
ポリマ－89,9413
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
2
B: Plasminogen activator inhibitor 1
F: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
J: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9413
ポリマ－89,9413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
3
C: Plasminogen activator inhibitor 1
G: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
K: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9413
ポリマ－89,9413
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
4
D: Plasminogen activator inhibitor 1
H: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY
L: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9413
ポリマ－89,9413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.220, 89.660, 249.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42782.023 Da / 分子数: 4 / 変異: YES [N150H, K154T, Q319L, M354I,] / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINE1, PAI1, PLANH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05121
#2: 抗体
HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量: 23719.564 Da / 分子数: 4 / Fragment: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT FROM AN PAI-1 ANTIBODY


分子量: 23439.076 Da / 分子数: 4 / Fragment: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: ARTIFICIALLY MADE ANTIBODY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MUTATIONS N150H, K154T, Q319L, M354I

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15 MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 8-10 % PEG 8000, 0.2 M LICL AND 20 % ETHYLENE GLYCOL
PH範囲: 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→14.99 Å / Num. obs: 86268 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 86.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G8R

4g8r


解像度: 2.9→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 4316 5 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2204 86268 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4742 Å20 Å23.3152 Å2
2--0.1297 Å20 Å2
3---0.3445 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.449 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24572 0 0 46 24618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1234176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8512SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes552HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3648HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25168HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26362SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 320 5.06 %
Rwork0.2423 5998 -
all0.2445 6318 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1221-0.6398-2.38551.26440.20752.8353-0.1855-0.4286-0.09390.41850.1019-0.01160.19940.20570.0836-0.162-0.031-0.0547-0.13290.0037-0.1419-29.0157-7.4666350.0148
21.0703-0.1428-0.29922.2741.01344.5761-0.0187-0.24320.08690.42630.10190.1404-0.2323-0.097-0.0832-0.1104-0.03540.0748-0.1024-0.0002-0.0914-44.511232.1701358.4575
31.14810.31791.61090.98730.31874.46740.08590.3964-0.0283-0.53390.0674-0.1071-0.11660.321-0.15330.18820.08040.07230.0212-0.0046-0.0775-15.87458.7073274.8405
41.1104-0.0175-0.572.38640.84284.5658-0.11420.4209-0.1818-0.54860.082-0.01780.08640.05030.03220.34540.0606-0.09940.1358-0.0056-0.0153-28.4399-30.9626261.745
51.5003-0.3352-1.73772.47532.01243.6778-0.20370.0211-0.0866-0.42390.2272-0.62140.05440.555-0.0235-0.05520.08560.00590.3040.0150.314910.4643-26.9401303.9083
61.03710.2729-1.38571.7327-1.55447.93220.22980.4934-0.1438-0.5826-0.13260.18820.609-0.4703-0.09720.34530.1117-0.1118-0.0262-0.09470.0578-47.253415.9502296.5801
71.69140.19840.0722.41642.09453.66210.0331-0.2923-0.01020.06250.1596-0.3084-0.10570.5035-0.1927-0.2889-0.12180.09920.1059-0.08330.07315.679927.7298331.7648
80.9569-0.1614-0.77832.5947-1.48876.63760.33420.04960.239-0.2265-0.08250.3314-0.456-0.5408-0.2517-0.15450.02370.0566-0.1909-0.08180.1847-50.7474-15.0565319.4017
90.12-0.2003-0.4332.48581.17840.8336-0.1134-0.0125-0.2555-0.52330.0662-0.17160.14820.18470.04720.02060.12090.02390.0547-0.02540.0302-5.8998-34.4713299.1806
100.6750.0516-0.80621.1977-1.77893.72280.3250.29330.1691-0.4762-0.19450.31030.0334-0.3296-0.13050.22380.1626-0.0498-0.0726-0.0519-0.0036-45.458833.9506295.6625
111.5912-0.0354-0.5462.21711.82612.28090.2305-0.160.6314-0.07590.0545-0.1102-0.4570.1876-0.285-0.1687-0.07760.1195-0.1515-0.05260.0734-11.238535.518330.7568
121.67240.6532-1.81111.3705-1.41254.05090.2356-0.0160.0204-0.1564-0.03040.27170.0503-0.1821-0.2052-0.2365-0.0176-0.039-0.2451-0.0264-0.0597-49.3328-33.0105320.4369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る