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- PDB-6i8m: THE CATALYTIC FRAGMENT OF POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE COMPLEXED W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8m
タイトルTHE CATALYTIC FRAGMENT OF POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE COMPLEXED WITH ISOINDOLINONE INHIBITOR
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードTRANSFERASE / CHICKEN PARP1 / INHIBITOR COMPLEX / ADP-RIBOSYLATION / DNA DAMAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation ...NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / nuclear replication fork / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleosome binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of innate immune response / nucleotidyltransferase activity / NAD binding / double-strand break repair / site of double-strand break / damaged DNA binding / innate immune response / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily ...Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H7W / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Casale, E. / Papeo, G. / Montagnoli, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Stereospecific PARP-1 Inhibitor Isoindolinone NMS-P515.
著者: Papeo, G. / Orsini, P. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Ciomei, M. / Cirla, A. / Desperati, V. / Donati, D. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Guanci, M. / Isacchi, A. / Posteri, H. / ...著者: Papeo, G. / Orsini, P. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Ciomei, M. / Cirla, A. / Desperati, V. / Donati, D. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Guanci, M. / Isacchi, A. / Posteri, H. / Rainoldi, S. / Riccardi-Sirtori, F. / Scolaro, A. / Montagnoli, A.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9832
ポリマ－40,6281
非ポリマー3551
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.053, 64.299, 97.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 40627.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue G652 and P653 are expression tag / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PARP1, ADPRT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P26446, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-H7W / (1~{S})-2-(1-cyclohexylpiperidin-4-yl)-1-methyl-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindole-4-carboxamide


分子量: 355.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20-25% PEG 550, 8% 2-propanol and 100 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.961 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 21543 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.1→32.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.952 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26012 1099 5.1 %RANDOM
Rwork0.20716 ---
obs0.20985 20403 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.26 Å2-0 Å2
3----4.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→32.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 26 41 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.6483776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2435347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.93324.496129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.40615492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.373159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4364.8011391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.997.1781737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5425.0461395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.10464.3834003
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 66 -
Rwork0.282 1350 -
obs--88.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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