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- PDB-6i8h: Structure of the plant immune signaling node EDS1 (enhanced disea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8h
タイトルStructure of the plant immune signaling node EDS1 (enhanced disease susceptibility 1) in complex with nanobody ENB15
要素
  • EDS1-specific nanobody
  • Protein EDS1L
キーワードIMMUNE SYSTEM / enhanced disease susceptibility 1 / plant innate immune system / alpha/beta hydrolase fold / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid metabolic process / defense response / hydrolase activity / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.682 Å
データ登録者Niefind, K. / Voss, M. / Toelzer, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationNI 643/6-1 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Arabidopsis immunity regulator EDS1 in a PAD4/SAG101-unbound form is a monomer with an inherently inactive conformation.
著者: Voss, M. / Toelzer, C. / Bhandari, D.D. / Parker, J.E. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2013
タイトル: Structural basis for signaling by exclusive EDS1 heteromeric complexes with SAG101 or PAD4 in plant innate immunity.
著者: Wagner, S. / Stuttmann, J. / Rietz, S. / Guerois, R. / Brunstein, E. / Bautor, J. / Niefind, K. / Parker, J.E.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2011
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of Arabidopsis thaliana EDS1, a key component of plant immunity, in complex with its signalling partner SAG101.
著者: Wagner, S. / Rietz, S. / Parker, J.E. / Niefind, K.
#3: ジャーナル: New Phytol. / 年: 2011
タイトル: Different roles of Enhanced Disease Susceptibility1 (EDS1) bound to and dissociated from Phytoalexin Deficient4 (PAD4) in Arabidopsis immunity.
著者: Rietz, S. / Stamm, A. / Malonek, S. / Wagner, S. / Becker, D. / Medina-Escobar, N. / Vlot, A.C. / Feys, B.J. / Niefind, K. / Parker, J.E.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein EDS1L
B: EDS1-specific nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7122
ポリマ－87,7122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area33470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.887, 145.887, 152.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Protein EDS1L / Enhanced disease susceptibility 1-like


分子量: 72736.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EDS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XF23
#2: 抗体 EDS1-specific nanobody


分子量: 14975.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Reservoir composition: 12.5 % (v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol, 12.5 % (w/v) PEG 1000, 12.5 % (w/v) PEG3350, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.0612 M MES, 0.0388 M ...詳細: Reservoir composition: 12.5 % (v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol, 12.5 % (w/v) PEG 1000, 12.5 % (w/v) PEG3350, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.0612 M MES, 0.0388 M imidazole, pH 6.5; protein stock solution: 4.1 mg/ml protein, 50 mM sodium chloride, 1 % (v/v) glycerole, 1 mM DTT, 50 mM HEPES, pH 8.0; drop composition: 150 nl protein stock solution plus 225 nl reservoir solution; cryo conditions: the crystals were flash frozen directly from the equilibrated crystallization drops.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.682→97.361 Å / Num. obs: 8246 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.682→4.05 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.349 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 411 / Rsym value: 1.349 / % possible all: 59.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
autoPROCVersion 1.0.5データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
autoPROCVERSION Jan 26, 2018データ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NFU

4nfu


解像度: 3.682→72.94 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 800 9.71 %
Rwork0.242 --
obs0.246 8238 75.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.682→72.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5893 0 0 0 5893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6088138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0163609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041869
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6815-3.9122000.389126X-RAY DIFFRACTION7
3.9122-4.21420.3952800.323722X-RAY DIFFRACTION45
4.2142-4.63820.31331600.29531566X-RAY DIFFRACTION97
4.6382-5.30920.34052000.28531595X-RAY DIFFRACTION100
5.3092-6.68840.34681600.2861674X-RAY DIFFRACTION100
6.6884-72.95780.24052000.19541755X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05631.0235-0.45571.4636-1.46191.70690.60020.88022.09970.6159-0.04350.1064-1.6114-0.35470.21781.30890.31580.44751.22450.07541.57852.7833-43.303611.4332
22.16660.49040.24792.21920.31961.92520.528-0.69410.36570.8778-0.18180.1705-0.5185-0.32830.28930.8860.08930.3091.69930.07591.466-5.4871-58.452715.0646
32.43440.8838-1.76571.6657-1.74981.1986-0.43090.993-0.479-0.74510.3051-0.54910.238-0.17220.00841.3752-0.25920.12811.3848-0.05790.802220.1205-60.2724-17.6158
4-0.0153-0.02270.01390.0061-0.06250.06860.26840.5159-0.1729-0.1278-0.2236-0.3134-0.1189-0.2640.00072.13910.5876-0.25571.84630.0782.375-14.8184-23.7914-15.619
50.20090.2029-0.1930.1765-0.20440.25410.3026-0.3527-0.1236-1.6989-0.4263-0.9207-1.85940.6329-0.0041.74160.4774-0.16061.6041-0.14742.4918-3.5245-27.3914-6.2592
60.05820.03040.03230.00490.00850.0101-0.60720.3946-0.13410.54330.3668-0.48511.6015-1.19220.00032.5793-0.1567-0.5152.1265-0.75922.6931-13.9496-36.8433-17.4982
70.04940.07720.05620.18360.14170.20220.37020.0989-0.0662-1.7209-0.5614-0.41441.1837-0.2297-0.21171.4044-0.0831-0.22591.62450.54953.1242-7.1811-36.8861-17.0581
81.1493-0.9910.19620.8431-0.19680.36640.9316-0.79470.30780.0823-1.0957-1.28660.867-0.4771-0.00071.328-0.4499-0.2261.5979-0.1382.11380.0028-33.0269-21.0632
90.12210.0493-0.09850.0308-0.08540.253-0.4512-0.4921-0.2404-0.1879-0.3205-0.07080.04260.0376-1.03730.23810.2984-0.20212.39060.38362.6895-2.7664-24.3158-13.0814
100.2611-0.0763-0.25760.13340.0330.2061-1.4013-0.4646-0.62060.271-0.12670.27661.8284-0.7425-0.02982.5510.099-0.13992.460.20641.5421-14.0999-29.7933-21.9121
113.7348-1.857-0.2546.6185.11184.3829-1.34140.37270.7270.2923-1.78431.60790.5666-1.1377-1.44051.68620.19540.46472.07460.63432.4886-6.2-37.879-5.2826
120.02580.00620.02950.012-0.03350.1224-0.4880.2154-0.24020.52170.1367-0.60970.2474-0.11820.00042.53130.2632-0.06791.97420.14111.7623-19.7561-26.4931-22.0896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 139 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 337 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 338 THROUGH 620 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 17 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 34 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 35 THROUGH 44 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 45 THROUGH 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 52 THROUGH 67 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 83 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 84 THROUGH 96 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 97 THROUGH 111 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 112 THROUGH 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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