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- PDB-6i3i: Crystal structure of reactive center loop (RCL) cleaved angiotens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3i
タイトルCrystal structure of reactive center loop (RCL) cleaved angiotensinogen
要素Angiotensinogen
キーワードHORMONE / angiotensinogen / reactive center loop
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / : / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / : / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renal system process / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / vasoconstriction / positive regulation of CoA-transferase activity / type 1 angiotensin receptor binding / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to angiotensin / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of gap junction assembly / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / blood vessel remodeling / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of miRNA transcription / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / growth factor activity / hormone activity / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Yan, Y. / Read, R.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust082961/Z/07/Z 英国
British Heart FoundationPG/12/41/29679 英国
Wellcome Trust100140 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the specificity of renin-mediated angiotensinogen cleavage.
著者: Yan, Y. / Zhou, A. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensinogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8692
ポリマ－50,6481
非ポリマー2211
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, It ran as a monomer in size exclusion column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.140, 80.140, 117.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Angiotensinogen / Serpin A8


分子量: 50647.656 Da / 分子数: 1 / 変異: N137Q,N271Q,N295Q,C232S,C308S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGT, SERPINA8 / プラスミド: pCEP4 / Cell (発現宿主): HEK293EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH8.5 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→66.14 Å / Num. obs: 15316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rrim(I) all: 0.254 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.97→3.05 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.282 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1106 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.505 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wxw

2wxw


解像度: 2.97→66.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 18.186 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.089 / ESU R Free: 0.343 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23743 726 4.7 %RANDOM
Rwork0.21797 ---
obs0.21889 14563 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 68.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→66.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 14 2 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0143408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7541.6444640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6691.6337303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6295425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62823.718156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14415562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4941512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6747.0441709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6747.0431708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05510.5582131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.05410.5592132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2937.2231699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2937.2251700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.39610.7412510
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23381.6123505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.23381.613506
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 52 -
Rwork0.336 1053 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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