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- PDB-6nu8: Structure of sucrose-6-phosphate hydrolase from Lactobacillus gas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nu8
タイトルStructure of sucrose-6-phosphate hydrolase from Lactobacillus gasseri in complex with fructose
要素Sucrose-6-phosphate hydrolase
キーワードHYDROLASE / GH32 / glycoside hydrolase / Lactobacillus gasseri / fructose
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase activity / sucrose metabolic process / beta-fructofuranosidase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sucrose-6-phosphate hydrolase / : / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 ...Sucrose-6-phosphate hydrolase / : / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / Sucrose-6-phosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus gasseri 224-1 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lima, M.Z.T. / Muniz, J.R.C.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/16291-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309767/2015-6 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)486546/2013-6 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)308865/2018-9 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of sucrose-6-phosphate hydrolase from Lactobacillus gasseri in complex with fructose
著者: Lima, M.Z.T. / Muniz, J.R.C.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8433
ポリマ－55,6011
非ポリマー2422
水8,953497
1
A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子

A: Sucrose-6-phosphate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6866
ポリマ－111,2012
非ポリマー4844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area34870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.860, 103.860, 102.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

HOH

21A-962-

HOH

31A-1071-

HOH

41A-1096-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sucrose-6-phosphate hydrolase / Invertase


分子量: 55600.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri 224-1 (乳酸菌)
遺伝子: HMPREF9209_2365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1YK18, beta-fructofuranosidase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M buffer MMT pH 9.0; 25% (m/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.89 Å / Num. obs: 51784 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2668 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.209 / Rrim(I) all: 0.345 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
TRUNCATEデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→41.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.669 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16532 2643 5.1 %RANDOM
Rwork0.13438 ---
obs0.13596 49110 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3905 0 16 497 4418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8161.6425591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5521.5818216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7865507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10424.103234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29215636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4611515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9851.0261971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9851.0261970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5861.5332467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5861.5342468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9291.2412121
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9281.2422122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0431.7813115
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.89813.3494653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.68412.6214524
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 184 -
Rwork0.19 3198 -
obs--89.31 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.081 Å / Origin y: -12.255 Å / Origin z: 21.634 Å
111213212223313233
T0.0162 Å20.0074 Å2-0.0049 Å2-0.0085 Å2-0.003 Å2--0.0025 Å2
L0.1424 °2-0.0234 °20.0187 °2-0.0997 °2-0.0482 °2--0.1089 °2
S-0.0054 Å °0.0035 Å °-0.0053 Å °0.0104 Å °0.0155 Å °-0.0002 Å °0.005 Å °0.0086 Å °-0.0101 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION1A29 - 141
3X-RAY DIFFRACTION1A142 - 175
4X-RAY DIFFRACTION1A176 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1A199 - 272
6X-RAY DIFFRACTION1A273 - 340
7X-RAY DIFFRACTION1A341 - 366
8X-RAY DIFFRACTION1A367 - 460
9X-RAY DIFFRACTION1A461 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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