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- PDB-6i3f: Crystal structure of the complex of human angiotensinogen and ren... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3f
タイトルCrystal structure of the complex of human angiotensinogen and renin at 2.55 Angstrom
要素
  • Angiotensinogen
  • Renin
キーワードHYDROLASE / angiotensinogen / renin / glycosylation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / renin / mesonephros development ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / regulation of renal output by angiotensin / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / drinking behavior / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / : / type 1 angiotensin receptor binding / vasoconstriction / low-density lipoprotein particle remodeling / response to angiotensin / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein metabolic process / response to immobilization stress / positive regulation of gap junction assembly / blood vessel remodeling / negative regulation of MAP kinase activity / regulation of cardiac conduction / amyloid-beta metabolic process / regulation of vasoconstriction / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / response to cAMP / angiotensin maturation / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of cytokine production / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / apical part of cell / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / peptidase activity / regulation of cell population proliferation / : / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Renin / Angiotensinogen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Yan, Y. / Read, R.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust082961/Z/07/Z 英国
British Heart FoundationPG/12/41/29679 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the specificity of renin-mediated angiotensinogen cleavage.
著者: Yan, Y. / Zhou, A. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensinogen
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,44615
ポリマ－87,8712
非ポリマー2,57513
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The angiotensinogen and renin complex is a 1:1 complex as shown my gel filtration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area31020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.119, 124.119, 260.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Angiotensinogen / Serpin A8


分子量: 50647.656 Da / 分子数: 1 / 変異: N137Q, N271Q, N295Q,C232S,C308S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGT, SERPINA8 / プラスミド: pCEP4 / Cell (発現宿主): HEK293EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019
#2: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37223.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D226A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / プラスミド: pCEP4 / Cell (発現宿主): HEK293EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 181分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 1.76M Ammonium sulfate 0.1M Tris, pH7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→62.06 Å / Num. obs: 39602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4393 / CC1/2: 0.674 / Rrim(I) all: 1.35 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXW and 2BKS

2wxw

2bks


解像度: 2.55→62.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.995 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23392 1987 5 %RANDOM
Rwork0.20621 ---
obs0.20761 37583 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.33 Å2-0 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---2.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→62.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5808 0 158 170 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.6588327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0691.58712768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4835753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16823.383266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.70815934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0921519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2644.3133027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2634.3133026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3216.463775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3216.4613776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.034.63075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0294.6013076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9026.8574553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.14649.6756144
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.14549.6826145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 155 -
Rwork0.302 2711 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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