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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i36 | |||||||||
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タイトル | SIXTY MINUTES IRON LOADED FROG M FERRITIN | |||||||||
要素 | Ferritin, middle subunit | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FOUR HELIX BUNDLE / FERROXIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lithobates catesbeiana (カエル) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Mangani, S. / Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Turano, P. / Lalli, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Time-Lapse Anomalous X-Ray Diffraction Shows How Fe(2+) Substrate Ions Move Through Ferritin Protein Nanocages To Oxidoreductase Sites. 著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Lalli, D. / Rosa, C. / Theil, E. / Turano, P. / Mangani, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i36.cif.gz | 63.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i36.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i36_validation.pdf.gz | 416.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i36_full_validation.pdf.gz | 416 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6i36_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i36_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i36 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4lpjC 4lqhC 4lqjC 4lqvC 4lyuC 4lyxC 4mjyC 4mkuC 4ml5C 4mn9C 4my7C 3ka3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20623.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.6-2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K PH範囲: 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0000, 1.7220, 1.7587 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日 / 詳細: MIRROR | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.59→19.64 Å / Num. obs: 36091 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 12.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rpim(I) all: 0.154 / Rrim(I) all: 0.343 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KA3 解像度: 1.59→19.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.232 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.077
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.64 Å
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拘束条件 |
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