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- PDB-6i2p: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis PknB kinase d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i2p
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis PknB kinase domain (L33E mutant) in complex with its substrate GarA
要素
  • Glycogen accumulation regulator GarA
  • Serine/threonine-protein kinase PknB
  • UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
キーワードSIGNALING PROTEIN / kinase / FHA-domain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / regulation of cellular respiration / positive regulation of catalytic activity / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of DNA binding / molecular function inhibitor activity ...negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / regulation of cellular respiration / positive regulation of catalytic activity / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of DNA binding / molecular function inhibitor activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / negative regulation of protein binding / manganese ion binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / : / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / : / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase PknB / Glycogen accumulation regulator GarA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Andre-Leroux, G. / Hindie, V. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the functional versatility of an FHA domain protein in mycobacterial signaling.
著者: Wagner, T. / Andre-Leroux, G. / Hindie, V. / Barilone, N. / Lisa, M.N. / Hoos, S. / Raynal, B. / Vulliez-Le Normand, B. / O'Hare, H.M. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
B: Serine/threonine-protein kinase PknB
D: Glycogen accumulation regulator GarA
E: Glycogen accumulation regulator GarA
C: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,47712
ポリマ－96,1305
非ポリマー1,3477
水4,107228
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
D: Glycogen accumulation regulator GarA
C: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1048
ポリマ－48,2873
非ポリマー8185
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PknB
E: Glycogen accumulation regulator GarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3734
ポリマ－47,8432
非ポリマー5302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.310, 70.460, 188.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknB


分子量: 30520.119 Da / 分子数: 2 / 変異: L33E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknB, Rv0014c, MTCY10H4.14c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI81, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Glycogen accumulation regulator GarA


分子量: 17322.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: garA, Rv1827, MTCY1A11.16c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJA9

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 235分子

#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Hepes-Na pH 7.5, 4 % w/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4, 4 mM AMP-PCP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→38.85 Å / Num. obs: 36716 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 67.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.439 / Rpim(I) all: 0.235

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O6Y

1o6y


解像度: 2.37→38.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.378 / SU Rfree Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.227
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1880 5.13 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 36656 95.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6753 Å20 Å20 Å2
2---3.8404 Å20 Å2
3---7.5158 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.37→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5631 0 148 228 6007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085886HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.998042HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1940SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1038HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5886HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion780SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6663SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.44 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 101 4.5 %
Rwork0.2514 2145 -
all0.2521 2246 -
obs--72.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1976-0.31940.90850.6960.33732.0965-0.06360.3622-0.161-0.25040.0503-0.10190.13920.20750.0133-0.0559-0.08020.05070.1049-0.016-0.141213.7274-19.7444-15.5426
22.0299-0.0595-0.43252.2003-0.01512.74410.03960.20380.5343-0.26280.07450.0944-0.5399-0.0489-0.1141-0.0744-0.0240.0187-0.0756-0.0018-0.0842-2.5635-1.0461-5.0768
32.1541-0.7033-0.9965.2158-0.69764.8193-0.01080.3109-0.10780.1311-0.12910.1358-0.0001-0.54420.1398-0.09210.07510.02830.0772-0.0894-0.2293-4.9544-0.515932.6724
43.98490.6477-1.28932.64851.29234.29910.1747-0.1553-0.1959-0.44650.1284-0.5442-0.28440.5286-0.3031-0.12320.02080.152-0.14830.003-0.079815.410415.870138.9062
53.9949-1.3952-1.67582.09590.3345.4815-0.1901-0.0872-0.01970.24910.1919-0.35730.1159-0.0357-0.0018-0.1630.00890.0421-0.0413-0.121-0.060313.8179-12.373520.2297
65.96182.83622.91047.09541.06998.3155-0.0161-0.2629-0.3322-0.08540.07810.10790.1252-0.2382-0.062-0.2755-0.152-0.0436-0.0354-0.0738-0.15335.77351.767569.7304
700.02930.18610.0734-0.115800.0007-0.00650.0015-0.010.0025-0.0003-0.00290.0019-0.00310.0134-0.0053-0.0475-0.00110.0231-0.009-10.7128-6.7329-23.7308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|96 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|97 - A|277 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|96 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|97 - B|277 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ E|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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