PDB-6i2a: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i2a

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus Griseus in complex with compounds RKp153 and Fasudil

要素

UPF0418 protein FAM164A
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年5月15日	ID: 6EMB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i2a.cif.gz	221.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i2a.ent.gz	179.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ouaC 5ousC 6egwC 6eh0C 6eh2C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6erwC 6esaC 6i2bC 6i2cC 6i2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lcq-d 5lct-d 5m0b-d 5m6y-d 5ok3-d 5otg-d 6emb-d 6erv-d 5m6v-d 5m71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

D: UPF0418 protein FAM164A

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.959, 73.886, 108.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha

分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase

#2: タンパク質・ペプチド

UPF0418 protein FAM164A

分子量: 1974.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PKI 5-22 with T16RBT mutation. A ribose is covalently attached to the threonine in this position
由来: (合成)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: G3HK48

#3: 化合物

ChemComp-M77 / 5-(1,4-DIAZEPAN-1-SULFONYL)ISOQUINOLINE / Fasudil / (5-ISOQUINOLINESULFONYL)HOMOPIPERAZINE / ファスジル

分子量: 291.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM

#4: 糖

ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM Fasudil, 23% v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.085 Å / Num. obs: 48328 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.32 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 19.05
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 4.17 % / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 7590 / CC_1/2: 0.844 / R_sym value: 0.479 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→46.085 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.51

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2068	2417	5 %	Random Selection
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1755	48320	99.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2918	0	29	184	3131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	4145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.378	1791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7475-1.7832	0.2515	133	0.2289	2521	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7832-1.822	0.236	141	0.2201	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.8644	0.261	141	0.2101	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8644-1.911	0.2509	139	0.2038	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-1.9626	0.2364	144	0.2083	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9626-2.0204	0.2226	140	0.1897	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0204-2.0856	0.2343	141	0.1942	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1602	0.2088	142	0.1852	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1602-2.2466	0.2244	142	0.1731	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2466-2.3489	0.1996	142	0.1708	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3489-2.4727	0.2025	143	0.1658	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4727-2.6276	0.1989	143	0.172	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6276-2.8305	0.2327	142	0.1792	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8305-3.1153	0.241	143	0.1839	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1153-3.5659	0.2103	143	0.1756	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5659-4.4921	0.1609	146	0.1507	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4921-46.1008	0.1927	152	0.1611	2872	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1319	0.1371	0.0255	0.2677	0.1939	0.2549	0.0955	-0.0238	0.1646	-0.3252	0.1384	0.2626	-0.2226	0.2121	0.0059	0.2725	0.0619	0.0204	0.2188	-0.0139	0.3329	-14.0872	-6.083	7.2763
2	0.0168	0.1032	0.0892	0.5762	0.5016	0.4363	0.1619	-0.6449	0.2911	0.3545	-0.0762	0.204	0.0306	-0.3058	0.004	0.2271	-0.0861	-0.0021	0.5168	0.0913	0.5584	-25.1315	-20.7775	30.4776
3	1.1644	-0.8116	0.5865	0.6221	-0.3197	0.4717	0.3211	-0.2679	-0.2344	0.3204	-0.031	0.3953	-0.1049	-0.3034	0.1099	0.3112	-0.0863	0.0409	0.5215	0.0779	0.2745	-23.4821	-22.1425	31.502
4	0.4792	0.2055	0.2837	0.7296	-0.204	0.3408	0.1131	-0.1546	-0.1266	-0.0267	-0.0787	0.2198	0.0997	-0.2131	0.0069	0.2121	-0.0236	0.0165	0.2474	0.007	0.2228	-12.2193	-19.7441	20.6457
5	0.4873	-0.5671	-0.0173	1.038	-0.4121	1.0118	0.0075	-0.1615	0.0483	0.0007	-0.0412	-0.0855	-0.038	0.0071	0	0.1769	-0.012	-0.005	0.1699	-0.0037	0.1998	1.1482	-16.5296	22.2568
6	0.2566	-0.0123	-0.1244	0.1444	-0.0791	0.3147	0.0559	0.1661	0.1246	-0.2083	-0.1305	-0.2343	0.0135	0.2792	-0.0018	0.2519	0.0291	0.0643	0.2049	0.0444	0.2459	8.8819	-17.5071	9.0449
7	0.8907	0.43	0.0404	0.8607	-0.2627	0.1235	0.188	-0.128	-0.1717	-0.027	-0.1021	0.2715	0.0709	-0.1336	0.2478	0.2301	-0.0098	-0.0169	0.2753	0.0292	0.2805	-16.4474	-24.2421	22.516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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