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- PDB-6hyh: Crystal structure of MSMEG_1712 from Mycobacterium smegmatis in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyh
タイトルCrystal structure of MSMEG_1712 from Mycobacterium smegmatis in complex with Beta-D-Fucofuranose
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / periplasmic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fucofuranose / ABC transporter periplasmic-binding protein YtfQ / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, M. / Mueller, C. / Zhang, L. / Einsle, O. / Jessen-Trefzer, C.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Detection and Characterization of a Mycobacterial L-Arabinofuranose ABC Transporter Identified with a Rapid Lipoproteomics Protocol.
著者: Li, M. / Muller, C. / Frohlich, K. / Gorka, O. / Zhang, L. / Gross, O. / Schilling, O. / Einsle, O. / Jessen-Trefzer, C.
履歴
登録2018年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,57817
ポリマ－67,3992
非ポリマー1,17915
水48627
1
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,15534
ポリマ－134,7984
非ポリマー2,35730
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455-x-1,-y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-823 kcal/mol
Surface area45680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.065, 118.065, 232.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-511-

HOH

31B-505-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 17 - 320 / Label seq-ID: 16 - 319

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator


分子量: 33699.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_1672 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G686, UniProt: A0QT50*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖 ChemComp-GYE / beta-D-fucofuranose / beta-D-fucose / 6-deoxy-beta-D-galactofuranose / D-fucose / fucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
DfucfbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fucofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FucfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium chloride, magnesium chloride, Tris pH 7.5, PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→83.485 Å / Num. obs: 28372 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.1 % / Biso Wilson estimate: 63.02 Å2 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.512→2.806 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HBD

6hbd


解像度: 2.5→52.62 Å / SU ML: 0.2432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3069
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 936 4.83 %
Rwork0.2109 --
obs0.2123 19397 67.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 35 27 4628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01034670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3896340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0701720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.43392802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.640.3509120.461251X-RAY DIFFRACTION6.59
2.64-2.80.3592400.3934648X-RAY DIFFRACTION17.07
2.8-3.020.3709920.33891851X-RAY DIFFRACTION48.2
3.02-3.320.29891750.30073829X-RAY DIFFRACTION98.74
3.32-3.80.26352090.22733876X-RAY DIFFRACTION99.88
3.8-4.790.19891880.18013924X-RAY DIFFRACTION100
4.79-52.630.21482200.17724082X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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