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- PDB-6hy7: Crystal structure of alpha9 nAChR extracellular domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hy7
タイトルCrystal structure of alpha9 nAChR extracellular domain in complex with alpha-conotoxin RgIA
要素
  • Alpha-conotoxin RgIA
  • Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9
キーワードTOXIN / alpha9 / ion channel / nAChR / acetylcholine / conotoxin / RgIA / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / cholinergic synapse / host cell postsynaptic membrane / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine-gated channel complex / response to auditory stimulus / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / acetylcholine receptor inhibitor activity ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / cholinergic synapse / host cell postsynaptic membrane / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine-gated channel complex / response to auditory stimulus / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane transporter complex / ion channel regulator activity / inner ear morphogenesis / postsynaptic specialization membrane / membrane depolarization / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calcium channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / neuron projection / synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily ...Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin RgIA / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Conus regius (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Giastas, P. / Zouridakis, M.
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Monomeric Extracellular Domain of alpha 9 Nicotinic Receptor Subunit in Complex With alpha-Conotoxin RgIA: Molecular Dynamics Insights Into RgIA Binding to ...タイトル: Crystal Structure of the Monomeric Extracellular Domain of alpha 9 Nicotinic Receptor Subunit in Complex With alpha-Conotoxin RgIA: Molecular Dynamics Insights Into RgIA Binding to alpha 9 alpha 10 Nicotinic Receptors.
著者: Zouridakis, M. / Papakyriakou, A. / Ivanov, I.A. / Kasheverov, I.E. / Tsetlin, V. / Tzartos, S. / Giastas, P.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9
B: Alpha-conotoxin RgIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3895
ポリマ－26,8852
非ポリマー5043
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Functional inhibition of alpha9-containing nAChRs upon alpha-conotoxin RgIA addition
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.646, 82.530, 49.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9 / Nicotinic acetylcholine receptor subunit alpha-9 / NACHR alpha-9


分子量: 25307.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: alpha9 nAChR / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA9, NACHRA9 / プラスミド: pPicZa / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9UGM1
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin RgIA


分子量: 1577.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: alpha conotoxin RgIA / 由来: (合成) Conus regius (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P0C1D0
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 10000, 100mM Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→42.434 Å / Num. obs: 12622 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 5.26 % / Net I/σ(I): 1.19
反射 シェル解像度: 2.26→2.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UXU

4uxu


解像度: 2.26→42.434 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 31.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 1175 5.04 %
Rwork0.1932 --
obs0.1962 23319 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→42.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 4 50 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0532605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9791125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2597-2.36250.42471370.33672574X-RAY DIFFRACTION92
2.3625-2.48710.38151490.30452773X-RAY DIFFRACTION100
2.4871-2.64290.30361440.25792784X-RAY DIFFRACTION100
2.6429-2.84690.24591540.2242796X-RAY DIFFRACTION100
2.8469-3.13330.29431500.21582796X-RAY DIFFRACTION100
3.1333-3.58650.26851470.18792819X-RAY DIFFRACTION100
3.5865-4.51780.19961460.15852803X-RAY DIFFRACTION100
4.5178-42.4410.21551480.16292799X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52280.4832-0.26780.4617-0.31970.2898-0.0316-0.2325-0.12150.69590.06420.21770.2956-0.2096-0.01570.46240.0563-0.07480.3860.10410.350567.609813.235773.0118
20.6982-0.05060.23081.6279-0.27720.2650.1131-0.0687-0.1707-0.2150.071-0.23950.31950.14970.00010.3470.05180.03750.3121-0.03040.337273.743620.466757.9758
3-0.03060.05250.06971.1551-0.07340.8268-0.11480.0098-0.0038-0.16010.0595-0.21420.1856-0.037-0.00010.30510.01660.04480.3302-0.02570.336770.816727.660450.6058
40.52150.07710.68430.4837-0.69811.6917-0.01560.11310.1431-0.14350.0218-0.160.18250.2015-00.2666-0.00930.05090.2943-0.02080.34575.223734.092546.8283
50.1359-0.01150.118-0.00050.01970.0776-0.3296-0.44190.7194-0.3803-0.02460.9025-0.71060.79310.00020.6669-0.0507-0.1110.4466-0.05580.64150.152530.340353.3105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 213 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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