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- PDB-6hvm: Structural characterization of CdaA-APO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hvm
タイトルStructural characterization of CdaA-APO
要素Diadenylate cyclase
キーワードTRANSFERASE / di-adenylate cyclase / second messenger / complex / c-di-AMP / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding ...YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA.
著者: Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1164
ポリマ－38,7382
非ポリマー3782
水2,054114
1
A: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4052
ポリマ－19,3691
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7112
ポリマ－19,3691
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.486, 64.896, 129.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA


分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1 M Na-HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.891 Å / Num. obs: 24970 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.13 % / Biso Wilson estimate: 44.378 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 16.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.17.1661.1023.0133110.7721.1998.5
2.1-2.27.2180.8084.2827350.8670.87399.9
2.2-2.67.2650.4377.9273310.9550.47299.9
2.6-2.87.2210.23913.9222720.9810.25799.9
2.8-37.2950.16218.8816730.9920.17599.8
3-47.1380.06130.5243220.9980.06699.9
4-56.7270.03740.0215800.9980.0499.9
5-66.5010.03142.977170.9990.03499.9
6-76.7740.03145.733630.9990.033100
7-86.7250.02457.0721110.026100
8-96.3750.02260.8612810.024100
9-106.560.02361.888410.025100
10-205.6760.02355.332100.9990.026100
20-304.2170.03445.882310.03995.8
30-502.8890.02840.4290.9980.03781.8
45.891-501150

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→45.891 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 1243 5 %
Rwork0.1858 --
obs0.1878 24874 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.17 Å2 / Biso mean: 47.6029 Å2 / Biso min: 22.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2472 0 24 114 2610
Biso mean--85.86 49.89 -
残基数----322
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2511-0.6794-0.76763.02790.24252.6791-0.0655-0.1408-0.35620.20560.07970.3870.0058-0.2117-0.01960.32560.0036-0.00450.31310.0250.3032-25.8189-2.8236-4.671
27.3728-2.41641.40444.2504-2.61134.856-0.03920.15220.2031-0.1660.083-0.3594-0.18550.2989-0.00350.28790.00620.00730.2481-0.07070.296-12.34571.6829-10.8537
32.58340.362-1.55431.27240.80055.54560.02660.74540.2677-0.50190.09680.6719-0.1962-1.269-0.04380.38380.0146-0.07390.42230.09220.3383-26.51783.4271-23.5373
41.6654-0.68651.05734.28250.50093.0719-0.04520.08960.3291-0.17550.0822-0.3681-0.12280.1748-0.1340.2537-0.0061-0.02320.2845-0.03170.3198-15.3996-6.7825-15.3166
50.9192-0.0558-0.2217.09130.25791.891-0.28350.048-0.1216-0.68770.3043-0.5366-0.2074-0.0597-0.12530.27220.01290.0070.268-0.00950.176-16.66517.3726-19.6301
65.30150.73230.94994.94040.77964.4909-0.0191-0.28640.8149-0.7283-0.0597-0.3872-0.18910.0173-0.04240.4431-0.07280.05520.28170.04950.3058-15.691511.5588-19.9273
77.4752-0.8014.76935.2963-1.91817.3625-0.2750.13150.03850.01180.267-0.1809-0.50110.10490.09460.3239-0.01370.01410.2542-0.01390.2354-15.50518.6612-12.1441
83.80492.418-1.80822.5867-0.10883.26420.3409-0.14430.08150.4043-0.03750.0821-0.08720.1181-0.27120.43240.04820.0260.3266-0.03090.356-20.753811.7787-5.1563
93.69873.3136-1.79482.9742-1.60450.85180.5850.37960.335-0.3651-0.0340.9618-0.5001-0.0366-0.59330.69270.0678-0.08570.6982-0.10780.7087-41.406-0.4607-4.656
108.69680.22743.58173.91560.62685.40270.59870.5194-0.4603-0.738-0.13510.02020.3154-0.1987-0.26680.3861-0.02020.02390.34040.01120.31-15.7342-22.321-25.9497
110.3180.02620.8974.21340.23494.1877-0.1838-0.6319-0.30070.06150.04340.53880.0163-0.70150.20040.2260.00490.01160.40980.04320.3396-19.844-28.2313-12.5013
124.22330.67460.13333.29440.61712.0810.0726-0.2441-0.3810.04440.0708-0.2794-0.0056-0.1993-0.16730.2426-0.0151-0.00360.26550.03090.3448-15.4619-16.0142-12.4713
136.67090.49120.94278.06310.94222.0628-0.25190.3091-0.0165-0.89480.0280.8545-0.348-0.59250.11370.3229-0.0034-0.02660.36640.01560.2737-23.6833-21.1775-15.9096
141.8877-0.54720.12614.2944-0.75011.6818-0.131-0.1871-0.15860.36520.2405-0.48390.02410.2161-0.10120.3453-0.0298-0.06150.37810.01160.288-11.7225-33.6197-6.4569
158.10742.1978-1.76464.283-1.16512.2463-0.3576-0.29460.1186-0.13260.163-0.15380.14020.03590.11950.258-0.0195-0.03090.27770.00060.2875-10.6955-30.6263-15.1566
160.9388-1.69640.92213.3554-1.20817.49360.00070.3791-0.212-0.32580.2032-0.1370.58820.5472-0.20750.3209-0.0201-0.00560.3371-0.03490.4249-8.1416-36.9332-17.4634
176.77350.90514.84761.68161.67196.6755-0.10571.4055-0.2258-0.36330.2629-0.28730.2303-0.0936-0.35140.512-0.09020.02780.37910.00470.2832-15.8011-32.7458-27.923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 25 )A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 34 )A26 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 46 )A35 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 73 )A47 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 101 )A74 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 102 through 113 )A102 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 114 through 132 )A114 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 133 through 153 )A133 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 154 through 166 )A154 - 166
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 26 )B3 - 26
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 44 )B27 - 44
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 45 through 73 )B45 - 73
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 74 through 83 )B74 - 83
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 84 through 113 )B84 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 114 through 132 )B114 - 132
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 133 through 141 )B133 - 141
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 142 through 157 )B142 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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