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万見
- PDB-6hux: HmdII from Methanocaldococcus jannaschii reconstitued with Fe-gua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hux
タイトルHmdII from Methanocaldococcus jannaschii reconstitued with Fe-guanylylpyridinol (FeGP) cofactor and co-crystallized with methenyl-tetrahydromethanopterin at 2.5 A resolution
要素H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / H2-activation / Lateral gene-transfer / cofactor biosynthesis / tetrahydromethanopterin / paralog / methanogen / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-E4M / iron-guanylyl pyridinol cofactor / H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Watanabe, T. / Wagner, T. / Huang, G. / Kahnt, J. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 中国, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Ministry of Education (China) 中国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2019
タイトル: The Bacterial [Fe]-Hydrogenase Paralog HmdII Uses Tetrahydrofolate Derivatives as Substrates.
著者: Watanabe, T. / Wagner, T. / Huang, G. / Kahnt, J. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,61125
ポリマ－40,6641
非ポリマー2,94724
水95553
1
A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子

A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This enzyme has been already characterized (Fujishiro et al. FEBS Journal 282 (2015) 3412-3423) and was behaving as a dimer in solution and in cristallo.
  • 87.2 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,22150
ポリマ－81,3282
非ポリマー5,89448
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_567x-y+2/3,-y+4/3,-z+7/31
Buried area19050 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.281, 124.281, 150.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

SO4

21A-416-

SO4

31A-514-

HOH

41A-553-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338


分子量: 40663.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: /
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: MJ1338 / 器官: / / 詳細 (発現宿主): / / Cell (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組織 (発現宿主): /
参照: UniProt: Q58734, 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

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非ポリマー , 9種, 77分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-FE9 / iron-guanylyl pyridinol cofactor


分子量: 686.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FeN6O13PS
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-E4M / 1-{4-[(6S,6aR,7R)-3-amino-6,7-dimethyl-1-oxo-1,2,5,6,6a,7-hexahydro-8H-imidazo[1,5-f]pteridin-10-ium-8-yl]phenyl}-1-deoxy-5-O-{5-O-[(S)-{[(1S)-1,3-dicarboxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D-ribofuranosyl}-D-ribitol


分子量: 787.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H44N6O16P
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % / 解説: transparent flower shape
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HmdII from Methanocaldococcus jannaschii reconstituted with Fe-guanylylpyridinol cofactor was cocrystallized with methenyl-tetrahydromethanopterin using the sitting drop vapor diffusion ...詳細: HmdII from Methanocaldococcus jannaschii reconstituted with Fe-guanylylpyridinol cofactor was cocrystallized with methenyl-tetrahydromethanopterin using the sitting drop vapor diffusion method under N2/H2 (95%/5%) in red light condition. 20 mg/ml of reconstituted enzyme in 25 mM Tris pH 7.5, 5% glycerol, 150 mM NaCl, 2 mM DTT and 3 mM methenyl-tetrahydromethanopterin was spotted on a 96-well 2-drop MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions, Suffolk, UK) with a ratio of 0.7 ul of protein and 0.7 ul of reservoir solution. After several weeks, crystals appeared in 2 M LiSO4, 100 mM Sodium acetate pH 5.5, 100 mM MgSO4 and 5% v/v PEG 400. jHmdII crystal was cryoprotected in its mother liquor supplemented with 30% ethylene glycol before freezing in liquid nitrogen.
Temp details: The temperature fluctuation was +/- 1 degree

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.73 Å / Num. obs: 15610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 64.85 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2224 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 1.415 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YT4

4yt4


解像度: 2.5→38.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.372 / SU Rfree Blow DPI: 0.236
詳細: The last refinement cycle was performed with hydrogens in riding position. The hydrogens have been removed from the deposited model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 739 4.74 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.168 15602 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8028 Å20 Å20 Å2
2--2.8028 Å20 Å2
3----5.6056 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 157 53 3000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085932HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9910781HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1354SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes912HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_it5932HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion398SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6570SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3038 135 4.88 %
Rwork0.2078 2633 -
all0.2125 2768 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21680.47-1.72722.23380.63551.0907-0.00750.09730.29580.07440.1759-0.4598-0.09430.1063-0.16840.3406-0.0239-0.06580.43390.00690.5584-27.8885101.3027183.75
23.2452-0.7766-0.68992.2617-0.16583.0057-0.2845-0.08280.75540.28070.0956-0.6346-0.40010.25680.18890.4326-0.0049-0.13630.34480.01590.6662-31.2783107.8108189.045
32.7008-0.94680.36092.88870.06241.08520.01740.36460.2473-0.0969-0.1040.0039-0.1214-0.06450.08660.26920.0411-0.0470.36930.02640.3451-42.902697.6746177.59
40.80970.42480.27453.61210.871.2615-0.04260.1179-0.0315-0.2378-0.09740.03180.0227-0.00480.14010.2376-0.01340.0120.3959-0.00230.2998-34.994868.2809171.542
52.7431-0.48730.09473.22880.86842.0376-0.0282-0.3893-0.3980.2397-0.0908-0.1490.10140.04460.1190.316-0.02640.01350.42420.00510.3335-34.691464.4043178.461
6-0.31240.13970.09270.59470.84780-0.0481-0.708-0.50760.6508-0.07740.37090.2508-0.01420.12550.56960.04210.08690.7989-0.05810.4966-52.434784.493192.045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|42 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|43 - A|85 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|86 - A|213 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|214 - A|270 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|271 - A|336 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|337 - A|371 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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