PDB-6hut: GFP8 - a stabilized variant of cycle-3 GFP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hut

タイトル

GFP8 - a stabilized variant of cycle-3 GFP

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / cycle-3

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Petek, M. / Rangel Pereira, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GFP8 - a stabilized variant of cycle-3 GFP
著者: Petek, M. / Rangel Pereira, M.

履歴

登録	2018年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hut.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hut.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lqtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e05-d 5hbd-d 4pwo-d 6nk0-2 2whs-4 5hcf-1 2pso-2 3vt3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.160, 63.370, 69.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28405.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.8 % / 解説: Large cylinder
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM HEPES, 10% v/v isopropanol, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→35 Å / Num. obs: 58248 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2865 / CC_1/2: 0.2 / R_rim(I) all: 0.634 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE	CCP4 7.0	位相決定
PHENIX	1.11.1-2575	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LQT

4lqt

解像度: 1.29→31.685 Å / 交差検証法: NONE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	-	-
R_work	0.1859	-	-
obs	-	58248	99.69 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→31.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1886	0	0	211	2097

LS精密化シェル

解像度: 1.29→1.3361 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.3342	273
R_work	0.3193	-
obs	-	5652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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