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- PDB-6hu6: Structure of ARF1 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hu6
タイトルStructure of ARF1 RNA
要素
  • (RNA (19-MER)) x 2
  • RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
キーワードRNA / dsRBD / RNA localization / SMD / Staufen
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Emmerich, C. / Lazzaretti, D. / Bandholz-Cajamarca, L. / Bono, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council310957 ドイツ
German Research FoundationBO3588/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of Staufen1 in complex with a physiological RNA sheds light on substrate selectivity.
著者: Lazzaretti, D. / Bandholz-Cajamarca, L. / Emmerich, C. / Schaaf, K. / Basquin, C. / Irion, U. / Bono, F.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (19-MER)
E: RNA (19-MER)
B: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
F: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2677
ポリマ－18,2134
非ポリマー543
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.803, 43.803, 452.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

NH4

21A-102-

NH4

31A-102-

NH4

41A-202-

HOH

51E-301-

HOH

61B-210-

HOH

71B-211-

HOH

81B-216-

HOH

91B-222-

HOH

101F-303-

HOH

111F-304-

HOH

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 AEBF

#1: RNA鎖 RNA (19-MER)


分子量: 6092.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 RNA (19-MER)


分子量: 6071.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 3240.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*UP*C)-3')


分子量: 2808.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 43分子

#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.7 M (NH4)2SO4, 100 mM Tri-sodium citrate pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38 Å / Num. obs: 25323 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.904→37.802 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 693 5.01 %
Rwork0.2262 --
obs0.2274 13826 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.904→37.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1207 3 40 1250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4072091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.348669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9043-2.05130.32031340.30262540X-RAY DIFFRACTION100
2.0513-2.25770.36411360.2752578X-RAY DIFFRACTION100
2.2577-2.58440.37031380.29952609X-RAY DIFFRACTION100
2.5844-3.25580.28531370.26962602X-RAY DIFFRACTION99
3.2558-37.80910.18441480.17732804X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.0468 Å / Origin y: 12.2677 Å / Origin z: -37.7518 Å
111213212223313233
T0.3467 Å20.0136 Å2-0.0106 Å2-0.4168 Å2-0.0201 Å2--0.3413 Å2
L-0.3563 °2-0.1005 °20.018 °2-0.0697 °20.0288 °2---0.0709 °2
S0.1675 Å °0.0559 Å °0.1267 Å °-0.0845 Å °0.1277 Å °-0.077 Å °0.0195 Å °0.0049 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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