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万見
- PDB-6htl: Measles Phosphoprotein Coiled-Coil Domain IPKI Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6htl
タイトルMeasles Phosphoprotein Coiled-Coil Domain IPKI Variant
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Coiled-Coil / Alpha Helix / Tetramer / 3-10 Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Measles morbillivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schramm, A. / Longhi, S.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Regulation of measles virus gene expression by P protein coiled-coil properties.
著者: Bloyet, L.M. / Schramm, A. / Lazert, C. / Raynal, B. / Hologne, M. / Walker, O. / Longhi, S. / Gerlier, D.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9662
ポリマ－8,9261
非ポリマー401
水75742
1
A: Phosphoprotein
ヘテロ分子

A: Phosphoprotein
ヘテロ分子

A: Phosphoprotein
ヘテロ分子

A: Phosphoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8658
ポリマ－35,7044
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.450, 33.450, 275.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Phosphoprotein


分子量: 8926.093 Da / 分子数: 1 / 変異: L339I, L340P, L341K, L342I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス) / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83623
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: elongated
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Calcium Chloride, Trizma / PH範囲: 8 - 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.94 Å / Num. obs: 4440 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 22.3 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 2.11 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 287 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.592 / Rrim(I) all: 2.202 / % possible all: 92.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZD0

3zd0


解像度: 2.3→45.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.39 / SU Rfree Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.239
詳細: Even if collection were carried out at 2.2 angstrom resoltuion, the anisotropic nature of the data had a harmfull impact on model refinement especially when the 2.2 - 2.3 shell was included. ...詳細: Even if collection were carried out at 2.2 angstrom resoltuion, the anisotropic nature of the data had a harmfull impact on model refinement especially when the 2.2 - 2.3 shell was included. Refinement was carried out at 2.3 angstrom as maximum resolution.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 198 5.01 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.254 3952 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.32 Å2 / Biso mean: 30.44 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7824 Å20 Å20 Å2
2---1.7824 Å20 Å2
3---3.5648 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数484 0 1 42 527
Biso mean--29.24 34.63 -
残基数----64
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d181SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes82HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it487HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion72SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact653SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d487HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg654HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.27
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3728 22 5 %
Rwork0.3559 418 -
all0.3569 440 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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