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- PDB-6ht8: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ht8
タイトルCrystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 3
要素Histone deacetylase
キーワードHYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLFORMAMIDE / 3-benzamido-4-methoxy-~{N}-oxidanyl-benzamide / : / histone deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Marek, M. / Shaik, T.B. / Romier, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Commission241865 フランス
European Commission602080 フランス
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants.
著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / Ennifar, E. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. / Romier, C.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase
B: Histone deacetylase
C: Histone deacetylase
D: Histone deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,37336
ポリマ－202,3324
非ポリマー3,04132
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area63540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.788, 70.921, 98.342
Angle α, β, γ (deg.)77.90, 75.58, 85.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Histone deacetylase


分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H660, histone deacetylase

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非ポリマー , 6種, 506分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-GQE / 3-benzamido-4-methoxy-~{N}-oxidanyl-benzamide


分子量: 286.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N2O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→35.625 Å / Num. obs: 61526 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 10.34
反射 シェル解像度: 2.497→2.586 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5949 / % possible all: 93.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZ5

4bz5


解像度: 2.497→35.625 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 3123 5.08 %
Rwork0.1577 --
obs0.1617 61487 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→35.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12961 0 184 474 13619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16618335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7597850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4967-2.53570.28971290.17992488X-RAY DIFFRACTION89
2.5357-2.57720.29671510.18332592X-RAY DIFFRACTION97
2.5772-2.62170.2831560.17612638X-RAY DIFFRACTION97
2.6217-2.66930.27311390.17752665X-RAY DIFFRACTION98
2.6693-2.72060.29141620.16982634X-RAY DIFFRACTION98
2.7206-2.77610.26191430.16412607X-RAY DIFFRACTION97
2.7761-2.83650.26171420.15982715X-RAY DIFFRACTION98
2.8365-2.90240.24141390.15672609X-RAY DIFFRACTION98
2.9024-2.9750.28221340.15982653X-RAY DIFFRACTION98
2.975-3.05540.26021230.16052675X-RAY DIFFRACTION98
3.0554-3.14520.23331340.16472679X-RAY DIFFRACTION98
3.1452-3.24670.23171400.16332660X-RAY DIFFRACTION98
3.2467-3.36260.25761290.16132714X-RAY DIFFRACTION98
3.3626-3.49720.25031380.15552667X-RAY DIFFRACTION98
3.4972-3.65620.23241710.1512613X-RAY DIFFRACTION98
3.6562-3.84870.2371300.14892687X-RAY DIFFRACTION98
3.8487-4.08950.21871510.14682674X-RAY DIFFRACTION98
4.0895-4.40480.18991240.1352701X-RAY DIFFRACTION98
4.4048-4.84710.22151350.13552667X-RAY DIFFRACTION99
4.8471-5.54620.19861520.1532676X-RAY DIFFRACTION99
5.5462-6.9790.21841580.17392707X-RAY DIFFRACTION99
6.979-35.62890.19441430.17292643X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37370.007-0.03790.1714-0.16610.346-0.0197-0.0135-0.01340.0162-0.0191-0.0008-0.00520.0107-00.0747-0.0051-0.00650.10910.01180.092653.56925.314785.7861
20.3663-0.0851-0.0060.1669-0.0540.27250.0116-0.0258-0.0133-0.0166-0.0335-0.0090.0007-0.008400.05420.0027-0.00340.0741-0.00710.073588.804142.987570.2776
30.07440.0106-0.00590.45410.10440.2303-0.0469-0.022-0.01-0.050.0181-0.00050.01-0.02820.00020.09950.0038-0.00930.06950.0010.081744.43252.267840.8743
40.37540.0185-0.17860.3867-0.01160.3497-0.0180.007-0.0006-0.0304-0.0153-0.01830.0008-0.0077-0.00080.0992-0.00530.01090.0732-0.00970.082965.085935.65825.3299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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