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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hsz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 2 | |||||||||
要素 | Histone deacetylaseヒストン脱アセチル化酵素 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Epigenetics (エピジェネティクス) / Histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen (病原体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.374 Å | |||||||||
データ登録者 | Marek, M. / Shaik, T.B. / Romier, C. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants. 著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / Ennifar, E. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. / Romier, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hsz.cif.gz | 646.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hsz.ent.gz | 533.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6hqyC 6hrqC 6hsfC 6hsgC 6hshC 6hskC 6ht8C 6htgC 6hthC 6htiC 6httC 6htzC 6hu0C 6hu1C 6hu2C 6hu3C 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5H660, ヒストン脱アセチル化酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 348分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-GOW / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.374→34.97 Å / Num. obs: 69324 / % possible obs: 94.99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.374→2.459 Å / Num. unique obs: 6161 / % possible all: 84.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BZ5 解像度: 2.374→34.968 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.374→34.968 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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