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- PDB-6hsw: A CE15 glucuronoyl esterase from Teredinibacter turnerae T7901 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hsw
タイトルA CE15 glucuronoyl esterase from Teredinibacter turnerae T7901
要素Carbohydrate esterase family 15 domain protein
キーワードHYDROLASE / CE15 / carbohydrate esterase / glucuronoyl esterase / xylan
機能・相同性Glucuronyl esterase, fungi / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbohydrate esterase family 15 domain protein
機能・相同性情報
生物種Teredinibacter turnerae T7901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14734381231 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Lo Leggio, L. / Navarro Poulsen, J.C. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationWood Science Center スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
European UnionInterreg-programmet for Oresund-Kattegat-Skagerrak デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-function analyses reveal that a glucuronoyl esterase fromTeredinibacter turneraeinteracts with carbohydrates and aromatic compounds.
著者: Arnling Baath, J. / Mazurkewich, S. / Poulsen, J.N. / Olsson, L. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2018年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
B: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
C: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,42541
ポリマ－144,2443
非ポリマー3,18138
水14,790821
1
A: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,03012
ポリマ－48,0811
非ポリマー94911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,66319
ポリマ－48,0811
非ポリマー1,58218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Carbohydrate esterase family 15 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,73210
ポリマ－48,0811
非ポリマー6519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.173, 121.173, 198.203
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-856-

HOH

21A-880-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase family 15 domain protein


分子量: 48081.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Teredinibacter turnerae T7901 (バクテリア)
遺伝子: TERTU_0517 / プラスミド: Modified pET28-a / 詳細 (発現宿主): contains TEV protease site / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5BN23

-
非ポリマー , 6種, 859分子

#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Enzyme mixed 50/50 with reservoir solution containing Morpheus screen solution with 0.09 M halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer system 1 ...詳細: Enzyme mixed 50/50 with reservoir solution containing Morpheus screen solution with 0.09 M halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M Buffer system 1 (Imidazole; MES) , and 50% v/v Precipitant mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG8000)
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→44.81 Å / Num. obs: 92246 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 39.8514198624 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1978 / Rpim(I) all: 0.04459 / Rrim(I) all: 0.2028 / Net I/σ(I): 13.86
反射 シェル解像度: 2.147→2.224 Å / 冗長度: 19.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 9051 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.4095 / % possible all: 98.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14734381231→44.81 Å / SU ML: 0.254587693418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34354230713 / 位相誤差: 23.1248739467
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212075397524 969 1.05060011059 %
Rwork0.163563910249 --
obs0.164076629898 92233 99.8117025766 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.6282588945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14734381231→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9644 0 199 821 10664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011249136532810137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0553762109213757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05788782830111446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008281833914211819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1198170285871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1473-2.26060.2742652250391360.24580450114212823X-RAY DIFFRACTION99.1507268554
2.2606-2.40220.2630620508771370.21307332711112889X-RAY DIFFRACTION99.7931509998
2.4022-2.58760.2474139585461370.1900968170712952X-RAY DIFFRACTION99.8855311355
2.5876-2.8480.2130944039611380.18077883986412957X-RAY DIFFRACTION99.9465730423
2.848-3.260.2257109931471380.16945187778213039X-RAY DIFFRACTION99.9848243418
3.26-4.10690.1797857775751390.14356140171113096X-RAY DIFFRACTION99.9773379665
4.1069-46.38190.2046499979221440.14533111522613508X-RAY DIFFRACTION99.934119025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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