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- PDB-6hs4: Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hs4
タイトルCrystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118
要素
  • Envelope glycoprotein
  • Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola Glycoprotein / Structure-based In Silico Screening / compound 118 / compound 118a / Natural compound
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GON / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire (エボラウイルス)
1976
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ren, J. / Zhao, Y. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based in Silico Screening Identifies a Potent Ebolavirus Inhibitor from a Traditional Chinese Medicine Library.
著者: Shaikh, F. / Zhao, Y. / Alvarez, L. / Iliopoulou, M. / Lohans, C. / Schofield, C.J. / Padilla-Parra, S. / Siu, S.W.I. / Fry, E.E. / Ren, J. / Stuart, D.I.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,49414
ポリマ－55,3102
非ポリマー3,18412
水2,972165
1
A: Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,48342
ポリマ－165,9306
非ポリマー9,55336
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area42080 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area52260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.160, 114.160, 305.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 36387.824 Da / 分子数: 1 / 変異: T42A,T42A,T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス), (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

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糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 171分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-GON / 1-[2-[3-oxidanyl-4-(4-phenyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)phenoxy]ethyl]piperidine-4-carboxamide


分子量: 406.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O3
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 9% (W/V) PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→57.08 Å / Num. obs: 47703 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F5U

6f5u


解像度: 2.05→57.08 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 2285 4.83 %
Rwork0.19 --
obs0.1915 47321 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→57.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3028 0 213 165 3406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7994559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2151937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0497-2.09430.39591060.39382493X-RAY DIFFRACTION87
2.0943-2.1430.31491160.36172617X-RAY DIFFRACTION91
2.143-2.19660.31241400.30942653X-RAY DIFFRACTION93
2.1966-2.2560.27141560.26942696X-RAY DIFFRACTION96
2.256-2.32240.29411450.24622800X-RAY DIFFRACTION98
2.3224-2.39730.25471280.23852818X-RAY DIFFRACTION99
2.3973-2.4830.241190.21582896X-RAY DIFFRACTION100
2.483-2.58240.25081350.20722855X-RAY DIFFRACTION99
2.5824-2.70.22681490.19582849X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.84230.23011580.19212857X-RAY DIFFRACTION100
2.8423-3.02040.21931460.18312867X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.25360.20241440.18492892X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.58090.19371680.18212866X-RAY DIFFRACTION100
3.5809-4.0990.18031550.15772899X-RAY DIFFRACTION100
4.099-5.16380.17461390.14582949X-RAY DIFFRACTION100
5.1638-57.10210.25381810.19453029X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37721.0803-0.56716.27760.60312.45490.0393-0.3773-0.14371.0283-0.0007-0.08390.2837-0.29250.07390.59210.01130.0850.43370.0280.4002-58.265915.7862.6655
21.32-0.3974-0.64121.87030.48292.104-0.0510.1884-0.1254-0.2532-0.06550.00640.3234-0.03180.1080.3949-0.02210.04680.2628-0.01820.289-55.696112.4993-26.913
31.3909-0.3714-1.17773.77973.00797.2798-0.16740.2803-0.1465-0.33910.0187-0.10090.4970.15210.13780.4990.02040.05570.27220.00090.4111-51.39766.1007-28.728
42.9512-0.6747-1.78144.04261.7777.9989-0.45390.2998-0.4076-0.1120.2482-0.07391.13390.25350.21830.92270.07820.16080.4671-0.05860.5811-45.0048-5.6981-39.0313
54.03240.3011.12864.1641.92255.678-0.12590.2148-0.6559-0.52640.2435-0.54060.9320.1292-0.04711.3544-0.06290.22660.6176-0.19290.6852-46.6435-9.2641-46.5651
60.0031-0.0889-0.13372.35283.61865.5305-0.32360.356-0.13170.62-0.0994-0.13991.56510.33260.35311.27360.17550.08570.6802-0.05670.8321-45.0594-10.615-25.7027
72.8323-1.3182-2.88928.25640.70173.0273-0.09880.5255-0.6727-0.68140.13470.57060.11440.45570.12681.69130.11760.12130.7207-0.14840.9611-47.3745-14.2849-48.4524
84.7613.334-0.7834.6999-1.99232.65860.0382-0.3449-0.3380.272-0.12570.0140.5118-0.04670.05310.52170.02310.06070.3085-0.00610.3546-51.33414.8979-10.4518
93.88754.74441.32655.8221.64760.53370.7389-1.3508-0.06041.6958-0.85270.48610.34240.4751-0.25080.64040.02570.05341.14360.11741.0473-32.468925.7556-12.1605
101.39292.3691-0.92435.4486-1.23750.6932-0.05430.2422-0.24240.04490.0541-0.58450.0806-0.10010.05240.34390.0750.00580.49750.07310.4755-36.979119.7713-17.9013
112.1711-0.32210.93813.2372-1.19372.9322-0.0512-0.1374-0.08640.0253-0.0220.03590.3986-0.21570.07080.2907-0.02990.06520.2259-0.03540.2384-59.990915.0527-12.2713
125.9572-3.3615-4.04214.76184.98025.28390.1163-0.1609-0.52720.462-0.19030.53840.5666-0.98090.17520.3427-0.0305-0.00190.3250.02440.3182-59.66426.88060.6659
132.24150.4248-0.31239.556-3.089.2994-0.0904-0.9295-0.60140.9322-0.1560.60781.0999-0.85250.3490.88020.04510.14390.94220.09820.5453-61.69427.630917.3141
145.1518-5.9559-2.37557.05052.16563.44980.3579-0.68630.2770.27150.2308-0.804-0.1957-0.2908-0.44571.8443-0.0450.12221.78490.16711.586-50.955928.806229.4119
153.28350.90261.30170.24840.36030.5170.2140.51140.37880.55-0.1765-0.68150.35020.88640.01381.6376-0.075-0.11231.74610.01431.6991-49.257233.376543.1445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 237 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 263 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 264 through 282 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 283 through 305 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 306 through 478 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 502 through 520 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 521 through 530 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 531 through 550 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 551 through 583 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 584 through 597 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 598 through 612 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 613 through 620 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 621 through 631 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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