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- PDB-6hrt: CRYSTAL STRUCTURE OF BTK KINASE DOMAIN COMPLEXED WITH 12-(6-tert-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BTK KINASE DOMAIN COMPLEXED WITH 12-(6-tert-butyl-8-fluoro-1-oxo-phthalazin-2-yl)-9-hydroxy-6-methyl-4-[[5-(morpholine-4-carbonyl)-2-pyridyl]amino]-6-azatricyclo[9.4.0.02,7]pentadeca-1(15),2(7),3,11,13-pentaen-5-one
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / mesoderm development / Fc-epsilon receptor signaling pathway / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / G alpha (q) signalling events / response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GMW / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Janson, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: A potent seven-membered cyclic BTK (Bruton's tyrosine Kinase) chiral inhibitor conceived by structure-based drug design to lock its bioactive conformation.
著者: Lopez-Tapia, F. / Lou, Y. / Brotherton-Pleiss, C. / Kuglstatter, A. / So, S.S. / Kondru, R.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls_group
Item: _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1862
ポリマ－32,5211
非ポリマー6651
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.778, 107.001, 38.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32521.135 Da / 分子数: 1 / 変異: M489A, R492A, E624A, K625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GMW / (9~{S})-12-(6-~{tert}-butyl-8-fluoranyl-1-oxidanylidene-phthalazin-2-yl)-6-methyl-4-[(5-morpholin-4-ylcarbonylpyridin-2-yl)amino]-9-oxidanyl-6-azatricyclo[9.4.0.0^{2,7}]pentadeca-1(15),2(7),3,11,13-pentaen-5-one


分子量: 664.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H37FN6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 33% PEG3350, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→42.9 Å / Num. obs: 75106 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.29→1.36 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 10759 / Rpim(I) all: 0.507 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.36→42.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.029 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20081 3250 5.1 %RANDOM
Rwork0.17748 ---
obs0.1787 60908 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.36→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 0 49 385 2573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2241.9883036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20624.135104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56715401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4231.51309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37722111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4373935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.444.5925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 247 -
Rwork0.384 4381 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00460.0630.01051.3360.04320.0487-0.00670-0.0077-0.04340.05370.00990.0294-0.0145-0.0470.0566-0.0136-0.00810.00860.01370.041919.3213-1.80657.5922
20.15530.0355-0.04390.0419-0.06410.4280.0059-0.01080.0175-0.00750.01150.0038-0.0257-0.0112-0.01740.02310.00060.00220.0079-0.00140.002918.506127.51432.6618
31.9258-0.01411.19070.7855-1.4893.59580.0871-0.1469-0.3076-0.00280.13490.00530.0558-0.3139-0.22210.0566-0.0132-0.00510.0420.01310.062516.72845.420920.1247
40.44291.02461.15252.75873.2263.8071-0.07940.0404-0.0731-0.08070.1325-0.0737-0.06390.1671-0.05320.0506-0.00450.03150.0130.00680.037829.21665.33697.5429
50.0657-0.02160.10230.1502-0.17260.615-0.0091-0.0197-0.0167-0.010.002-0.00520.0038-0.00950.00710.03140.00010.00040.00730.00690.00721.743915.549610.7276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 407
2X-RAY DIFFRACTION1A453 - 476
3X-RAY DIFFRACTION1A418 - 436
4X-RAY DIFFRACTION2A477 - 514
5X-RAY DIFFRACTION2A559 - 1000
6X-RAY DIFFRACTION3A437 - 452
7X-RAY DIFFRACTION4A408 - 417
8X-RAY DIFFRACTION5A515 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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