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- PDB-6hrl: Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrl
タイトルCrystal structure of the Kelch domain of human KLHL17
要素Kelch-like protein 17
キーワードLIGASE / Kelch domain / Cullin 3 E3 ligase substrate adaptor / Actinfilin / Homo sapiens / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


POZ domain binding / regulation protein catabolic process at postsynapse / dendrite cytoplasm / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / postsynaptic density / neuronal cell body ...POZ domain binding / regulation protein catabolic process at postsynapse / dendrite cytoplasm / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / postsynaptic density / neuronal cell body / glutamatergic synapse / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-type beta propeller / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, Z. / Williams, E. / Sorrell, F.J. / Newman, J.A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, F. / Edwards, C.H. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL17
著者: Chen, Z. / Williams, E. / Sorrell, F.J. / Newman, J.A. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, F. / Edwards, C.H. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like protein 17
B: Kelch-like protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,26626
ポリマ－60,9542
非ポリマー1,31324
水3,513195
1
A: Kelch-like protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,21416
ポリマ－30,4771
非ポリマー73715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kelch-like protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,05310
ポリマ－30,4771
非ポリマー5769
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.353, 118.774, 124.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...
21(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A340 - 388
121(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A390
131(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
141(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
151(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
161(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
171(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
181(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
191(chain A and (resid 340 through 388 or (resid 390...A337 - 623
211(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C340 - 367
221(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C368
231(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C1 - 8
241(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C1 - 8
251(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C1 - 8
261(chain C and (resid 340 through 367 or (resid 368...C1 - 8

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kelch-like protein 17 / Actinfilin


分子量: 30476.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHL17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TDP4

-
非ポリマー , 5種, 219分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.26M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→62.495 Å / Num. obs: 31573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 39.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.6750.809199.4
11.63-62.485.20.067199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX1.13_2998モデル構築
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NKP

5nkp


解像度: 2.6→62.495 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 1448 4.72 %
Rwork0.2272 --
obs0.2292 30692 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.4 Å2 / Biso mean: 46.994 Å2 / Biso min: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→62.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4255 0 65 195 4515
Biso mean--97.57 41.69 -
残基数----574
Refine LS restraints NCS数: 2498 / Rms: 5.973 / タイプ: TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6003-2.69320.47731280.42792689281790
2.6932-2.80110.43531210.39572810293194
2.8011-2.92860.42241380.33812865300397
2.9286-3.08290.38771730.31462861303497
3.0829-3.27610.33111690.27982872304198
3.2761-3.5290.27961250.24282976310199
3.529-3.88410.24061420.19862949309199
3.8841-4.4460.17431560.14923011316799
4.446-5.6010.18461350.144730643199100
5.601-62.51350.23611610.20623147330899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90531.9604-2.3666.7981-6.06185.65930.19440.10890.21920.29070.0340.2017-0.75050.0777-0.26710.28950.00260.00960.29610.04750.350714.199152.656757.1787
23.86341.09351.07089.1323.82836.8405-0.2661-0.7624-0.06270.7199-0.2391-0.1041-0.002-0.61460.52720.35470.033-0.03010.34630.00550.32888.651452.97666.6008
31.59370.30190.05922.41041.06591.2451-0.04620.3630.0474-0.20450.1044-0.1172-0.14330.194-0.06040.2666-0.0282-0.00520.40490.02710.298422.970738.696352.4532
43.3102-1.05510.8554.55460.47690.771-0.00690.07060.037-0.17930.10160.50370.0414-0.3596-0.0750.2686-0.03270.00310.46960.00920.31454.485232.704949.6495
56.91072.0397-0.17316.89460.15364.2251-0.1270.02310.21790.016-0.03980.0251-0.1753-0.16120.21540.26710.0437-0.0350.43180.0120.34423.418742.723256.2281
64.95322.70280.60193.25391.23091.6634-0.04810.39320.632-0.00320.16860.283-0.2958-0.3473-0.0920.28860.05450.02220.32440.00840.34484.546547.329458.0378
70.55310.8397-0.14.0214-5.04478.4641-0.1724-0.3375-0.6375-0.043-0.3903-0.35690.12460.60440.59060.27610.0149-0.06270.38380.03420.454413.069662.148425.0843
82.0572-7.5391-3.95366.96866.06739.0145-0.1941-0.14650.10560.55860.3-0.0591-0.2849-0.6067-0.07960.51710.08880.04530.60710.09230.45713.388365.903336.3768
92.5005-0.95981.86473.3379-0.26815.8036-0.072-0.3231-0.45560.05780.0293-0.15781.02240.3504-0.0020.45390.06510.00140.37480.05730.45038.979252.235924.8748
103.28030.2479-0.72223.5093-0.44483.68860.0337-0.3974-0.55760.16370.00610.3710.2511-0.3586-0.08240.4425-0.1024-0.05470.52080.11190.4466-2.268552.402920.1067
112.4318-0.3055-0.8053.3923-0.20713.2773-0.0236-0.1875-0.62830.04570.09040.41320.8034-0.579-0.07780.4288-0.1311-0.06620.43090.07920.466-7.773757.494416.114
126.6717-1.2304-0.57566.97840.61217.73470.0071-0.2644-0.00490.24450.06520.299-0.0909-0.4496-0.07480.2407-0.0321-0.04250.310.01430.2524-6.480373.85420.249
134.5744-2.5555-2.04178.00554.53444.6336-0.2441-0.89150.06890.50860.1577-0.09040.4750.07490.05850.29220.0629-0.05310.45850.03710.33083.418373.240326.8301
145.6235-3.3231.10525.22041.32561.996-0.4065-0.9504-0.06210.64170.42580.0033-0.13970.34350.030.3737-0.0152-0.01260.28380.03110.25755.871176.849227.3434
152.2889-0.69212.74812.5990.63125.08640.1292-0.2299-0.34940.18840.24020.3310.02920.1352-0.28280.3150.0236-0.01690.33880.05650.391510.625264.764129.9021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 339 through 358 )A339 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 359 through 372 )A359 - 372
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 373 through 513 )A373 - 513
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 514 through 560 )A514 - 560
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 561 through 582 )A561 - 582
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 583 through 625 )A583 - 625
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 340 through 358 )C340 - 358
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 359 through 372 )C359 - 372
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 373 through 419 )C373 - 419
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 420 through 441 )C420 - 441
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 442 through 513 )C442 - 513
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 514 through 560 )C514 - 560
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 561 through 582 )C561 - 582
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 583 through 607 )C583 - 607
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 608 through 625 )C608 - 625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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