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- PDB-6hr8: HMG-CoA reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hr8 | ||||||
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Title | HMG-CoA reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with NADPH at 2.9 A resolution | ||||||
![]() | (HMG-CoA reductase) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HMG-CoA / Mevalonate biosynthesis / statins / cholesterol biosynthesis / isoprenoids / NADPH / structural rearrangement. | ||||||
Function / homology | ![]() hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wagner, T. / Voegeli, B. / Erb, T.J. / Shima, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of archaeal HMG-CoA reductase: insights into structural changes of the C-terminal helix of the class-I enzyme. Authors: Vogeli, B. / Shima, S. / Erb, T.J. / Wagner, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 912.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 773.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 79.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 104.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hr7SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 46653.793 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The residue 233 is an oxidized cysteine. The N-terminal contains the poly-histidine tag. The C-terminal was too flexible to be modelled. Side chain of K87 was truncated because of an absence of electron density. Source: (gene. exp.) ![]() Gene: HMGR / Plasmid: pET-28b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A4V8GZY0*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) |
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#2: Protein | Mass: 46637.793 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The N-terminal contains the poly-histidine tag. The C-terminal was too flexible to be modelled. Side chain of D24 was truncated because of an absence of electron density. Source: (gene. exp.) ![]() Gene: HMGR / Plasmid: pET-28b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A4V8GZY0*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) |
-Non-polymers , 4 types, 22 molecules ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.19 % / Description: Prism shape |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: HMGR at 10 mg/ml was supplemented with a final concentration of 2 mM NADPH. The sample was centrifuged for 5 minute at 13.000 RPM to remove any aggregates and dust. 0.7 ul of protein sample ...Details: HMGR at 10 mg/ml was supplemented with a final concentration of 2 mM NADPH. The sample was centrifuged for 5 minute at 13.000 RPM to remove any aggregates and dust. 0.7 ul of protein sample was spotted on a 96-well 2-drop MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions, Suffolk, UK) and 0.7 ul of reservoir solution was mixed. The best crystals were obtained after several month using a solution containing 40% v/v PEG 400, 100 mM Tris PH 8.5 and 200 mM Li2SO4. Temp details: The temperature was fluctuating of +/- 3 degree |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97662 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→25 Å / Num. obs: 59867 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 93.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.285 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8592 / CC1/2: 0.427 / Rpim(I) all: 0.491 / Rrim(I) all: 1.377 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6HR7 Resolution: 2.9→24.987 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.26 Details: For the last round of refinement, many side chains have been truncated were the electron density was absent. The last round of refinement has been done with hydrogens in riding position. ...Details: For the last round of refinement, many side chains have been truncated were the electron density was absent. The last round of refinement has been done with hydrogens in riding position. Hydrogens were removed from the final deposited model.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 113 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→24.987 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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