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万見
- PDB-6hr7: HMG-CoA reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hr7
タイトルHMG-CoA reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus apo form at 2.4 A resolution
要素HMG-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HMG-CoA / Mevalonate biosynthesis / statins / cholesterol biosynthesis / isoprenoids / structural rearrangement.
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wagner, T. / Voegeli, B. / Erb, T.J. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of archaeal HMG-CoA reductase: insights into structural changes of the C-terminal helix of the class-I enzyme.
著者: Vogeli, B. / Shima, S. / Erb, T.J. / Wagner, T.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMG-CoA reductase
B: HMG-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,67715
ポリマ－93,2762
非ポリマー1,40213
水73941
1
A: HMG-CoA reductase
B: HMG-CoA reductase
ヘテロ分子

A: HMG-CoA reductase
B: HMG-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,35530
ポリマ－186,5514
非ポリマー2,80426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,x-y+1,-z+11
Buried area32590 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area49220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.322, 83.322, 211.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HMG-CoA reductase


分子量: 46637.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: /
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: HMGR / 器官: / / プラスミド: pET-28b / 詳細 (発現宿主): / / Cell (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: A0A4V8GZY0*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)

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非ポリマー , 7種, 54分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % / 解説: Long rod shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HMGR was concentrated until 10 mg/ml by using an Amicon Ultra-4 Centrifugation filter (30 kDa cut-off) (Millipore) and centrifuged for 5 minute to remove any aggregates and dust. 0.7 ul of ...詳細: HMGR was concentrated until 10 mg/ml by using an Amicon Ultra-4 Centrifugation filter (30 kDa cut-off) (Millipore) and centrifuged for 5 minute to remove any aggregates and dust. 0.7 ul of protein sample was spotted on a 96-well 2-drop MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions, Suffolk, UK) and 0.7 ul of reservoir solution was mixed. The best crystals were obtained after several month using a solution containing 40% v/v PEG 400, 100 mM Tris PH 8.5 and 200 mM Li2SO4.
Temp details: Temperature fluctation of +/- 3 degree

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97662 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97662 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.613 Å / Num. obs: 33184 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.177 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4821 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 1.236 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDS3.3.22データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DQ8

1dq8


解像度: 2.4→42.613 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 1631 4.92 %
Rwork0.1727 --
obs0.1752 33130 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 68.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6050 0 69 41 6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8438332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9733755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051050
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47060.3646990.2762628X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-2.55030.31311320.24482599X-RAY DIFFRACTION100
2.5503-2.64150.28921050.21292645X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.74720.25181520.20272583X-RAY DIFFRACTION100
2.7472-2.87220.2661390.2052622X-RAY DIFFRACTION100
2.8722-3.02360.23681320.20772562X-RAY DIFFRACTION99
3.0236-3.2130.23141570.17812628X-RAY DIFFRACTION100
3.213-3.4610.22991310.17142620X-RAY DIFFRACTION100
3.461-3.80910.20621310.16212642X-RAY DIFFRACTION100
3.8091-4.35980.20561430.14412632X-RAY DIFFRACTION100
4.3598-5.4910.19871460.1512638X-RAY DIFFRACTION100
5.491-42.61930.20241640.16972700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0743-0.0066-0.04620.0419-0.0120.0312-0.2599-0.4199-0.77560.32030.14830.4540.5791-0.4824-0.00321.20890.06230.07570.53970.04770.783210.946613.706783.1802
21.2046-0.24160.08210.4247-0.66941.2948-0.4088-0.1574-0.39960.05440.0913-0.16171.19680.7185-0.52120.6950.41280.0490.75990.13220.599630.361628.952589.4032
31.464-0.1617-0.63710.62430.33262.6129-0.1125-0.1396-0.08250.18630.0265-0.09030.47230.7284-0.01130.45890.1464-0.05770.56590.12830.524727.85244.9482108.7465
40.03130.0175-0.02010.0416-0.01210.01180.2140.52910.045-0.11670.0313-0.5044-0.71870.2334-0.0020.79040.20090.01411.85140.17631.017457.205539.852285.1667
50.9228-0.63190.39961.0380.48582.1066-0.19650.1178-0.10360.15660.0703-0.04750.64150.6472-0.03460.60160.2030.03450.68030.11810.468326.06934.854985.9133
60.68480.2148-0.18151.41860.7592.4349-0.07420.08070.0974-0.1357-0.1138-0.0225-0.120.2158-0.00030.35010.0419-0.05280.41850.14440.503816.123452.238389.3833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 401 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 133 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 134 through 400 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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