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万見
- PDB-6hr5: Structure of the S1_25 family sulfatase module of the rhamnosidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hr5
タイトルStructure of the S1_25 family sulfatase module of the rhamnosidase FA22250 from Formosa agariphila
要素Alpha-L-rhamnosidase/sulfatase (GH78)
キーワードHYDROLASE / algal polysaccharide carrageenan sulfatase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / carbohydrate metabolic process / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase C-terminal domain / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional sulfatase/alpha-L-rhamnosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Formosa agariphila KMM 3901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.912 Å
データ登録者Roret, T. / Prechoux, A. / Czjzek, M. / Michel, G.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE19- 0020-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-BTBR-04 フランス
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A marine bacterial enzymatic cascade degrades the algal polysaccharide ulvan.
著者: Reisky, L. / Prechoux, A. / Zuhlke, M.K. / Baumgen, M. / Robb, C.S. / Gerlach, N. / Roret, T. / Stanetty, C. / Larocque, R. / Michel, G. / Song, T. / Markert, S. / Unfried, F. / Mihovilovic, ...著者: Reisky, L. / Prechoux, A. / Zuhlke, M.K. / Baumgen, M. / Robb, C.S. / Gerlach, N. / Roret, T. / Stanetty, C. / Larocque, R. / Michel, G. / Song, T. / Markert, S. / Unfried, F. / Mihovilovic, M.D. / Trautwein-Schult, A. / Becher, D. / Schweder, T. / Bornscheuer, U.T. / Hehemann, J.H.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-rhamnosidase/sulfatase (GH78)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3792
ポリマ－54,3391
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.879, 48.871, 92.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-L-rhamnosidase/sulfatase (GH78)


分子量: 54338.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Formosa agariphila KMM 3901 (バクテリア)
遺伝子: BN863_22250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2KM26
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 2000MME 0.1M MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→48.87 Å / Num. obs: 10211 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.256 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.277 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.91→3.09 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.471 / Rrim(I) all: 1.257 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJanuary 26, 2018データ削減
Aimless7.0.063データスケーリング
Coot0.8.9モデル構築
MOLREP7.0.063位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.912→44.609 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3608 533 5.23 %
Rwork0.3216 --
obs0.3237 10183 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.912→44.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 1 0 3077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0054243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2751885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9117-3.20460.42921380.38272353X-RAY DIFFRACTION99
3.2046-3.66820.33711190.32832398X-RAY DIFFRACTION100
3.6682-4.62070.34251250.3032430X-RAY DIFFRACTION100
4.6207-44.61440.36221510.31032469X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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