PDB-6hqp: Crystal structure of GcoA F169V bound to guaiacol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hqp

タイトル

Crystal structure of GcoA F169V bound to guaiacol

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome / P450 / lignin.

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Mallinson, S.J.B. / Hinchen, D.J. / Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/P011918/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/L001926/1	英国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC36-08GO28308	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Enabling microbial syringol conversion through structure-guided protein engineering.
著者: Machovina, M.M. / Mallinson, S.J.B. / Knott, B.C. / Meyers, A.W. / Garcia-Borras, M. / Bu, L. / Gado, J.E. / Oliver, A. / Schmidt, G.P. / Hinchen, D.J. / Crowley, M.F. / Johnson, C.W. / ...

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hqp.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hqp.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqkC 6hqlC 6hqmC 6hqnC 6hqoC 6hqqC 6hqrC 6hqsC 6hqtC 5ncbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ycp-d 5omu-d 6rq0-d 6hqt-d 6hqr-d 6ycn-d 6yci-d 5op9-d 6yct-d 4iq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.803, 103.803, 115.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-653- HOH
2	1	A-999- HOH
3	1	A-1041- HOH

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 45250.566 Da / 分子数: 1 / 変異: F169V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) 遺伝子: AMETH_3834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MY51, UniProt: P0DPQ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-JZ3 / Guaiacol / 2-methoxyphenol / グアイアコ-ル分子量: 124.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, HEPES, guaiacol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→73.4 Å / Num. obs: 80413 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.828

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCB

5ncb

解像度: 1.62→73.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	4066	5.06 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1661	80413	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→73.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3154	0	52	486	3692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.368	4527
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.184	1931
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	478
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6201-1.6391	0.3602	140	0.3377	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6391-1.6591	0.3441	129	0.3145	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6591-1.6801	0.3246	142	0.305	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6801-1.7022	0.3109	138	0.2897	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7022-1.7255	0.2879	158	0.2658	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7255-1.7502	0.3168	133	0.2493	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7502-1.7763	0.2438	137	0.2392	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7763-1.8041	0.2546	145	0.2211	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8041-1.8337	0.2247	137	0.2112	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8337-1.8653	0.2107	139	0.1976	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8653-1.8992	0.2345	153	0.1938	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8992-1.9357	0.2326	127	0.1868	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9357-1.9752	0.1956	134	0.1832	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9752-2.0182	0.2058	136	0.1711	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0182-2.0651	0.2053	135	0.1582	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0651-2.1168	0.184	124	0.1547	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1168-2.174	0.218	133	0.1487	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.174-2.238	0.1883	129	0.1445	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.238-2.3102	0.1585	152	0.1431	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3102-2.3928	0.1733	151	0.1434	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3928-2.4886	0.1912	143	0.1542	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4886-2.6019	0.178	159	0.1585	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6019-2.7391	0.2122	123	0.1774	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7391-2.9107	0.1983	153	0.1736	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9107-3.1354	0.1882	143	0.1616	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1354-3.451	0.1684	124	0.1467	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.451-3.9503	0.127	164	0.1239	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9503-4.9768	0.1274	146	0.1201	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9768-73.4752	0.1881	139	0.1699	2900	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.0724 Å / Origin y: 80.1826 Å / Origin z: 42.2602 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1393 Å²	0.0141 Å²	0.0058 Å²	-	0.1321 Å²	-0.0209 Å²	-	-	0.1425 Å²
L	0.6229 °²	-0.0837 °²	-0.0417 °²	-	0.4191 °²	0.1592 °²	-	-	0.528 °²
S	-0.0383 Å °	-0.0597 Å °	0.0815 Å °	0.0485 Å °	0.0633 Å °	-0.0621 Å °	0.0376 Å °	0.036 Å °	0.0022 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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